荷蘭人當(dāng)然不可能就這樣放棄，之后他們又做了多次和中國通商的嘗試，還曾經(jīng)想讓暹羅國王做中間人，但是都失敗了。原因有四，第一是明朝的官員對于海外事物都有天然的恐懼，多一事不如少一事，一見洋人到來，第一反應(yīng)就是趕走了事。第二是因為葡萄牙人決不允許有人和自己分享明朝的生意，想盡辦法行賄、游說，鼓動明朝官府驅(qū)逐荷蘭人。第三是因為荷蘭人和葡萄牙人剛到東亞時一樣，還把這里當(dāng)成非洲沿海那種沒有強大國家政權(quán)的地方，肆無忌憚地劫掠，激怒了明朝。葡萄牙人很機靈，及時轉(zhuǎn)變了政策，因此租到了澳門，荷蘭人卻還沒有及時轉(zhuǎn)型，而且他們試圖武力奪取澳門，更讓明朝官府認為他們是個威脅。第四是明朝官府了解到荷蘭與日本的關(guān)系很密切，明朝剛剛在朝鮮結(jié)束和日本的戰(zhàn)爭，這種時候凡是和日本有關(guān)的事情都會拒絕。結(jié)果就是，荷蘭人雖然在日本那里獲得了經(jīng)銷權(quán)，卻沒能帶來足夠的中國商品，日本人也開始懷疑荷蘭人的誠意，甚至認為他們根本就沒有購買中國貨物的渠道，現(xiàn)有的這點貨物都是搶來的。
萬歷末年，荷蘭逐步鞏固了自己在東印度群島的統(tǒng)治，建立了巴達維亞城，也吸引了一部分華商到巴達維亞貿(mào)易，但是巴達維亞的距離太遠，前去貿(mào)易的華商數(shù)量不僅和澳門完全無法相提并論，和西班牙人控制的呂宋相比也遠遠不如。到了天啟年間，荷蘭人認為不用武力無法打開中國的國門，于是再度出兵攻擊澳門和澎湖。然而，澳門的葡萄牙人并非能隨便捏的軟柿子，明軍雖然在軍事科技上已經(jīng)落后于歐洲，但畢竟還有壓倒性的數(shù)量優(yōu)勢，荷蘭人的行動再次失敗。福建巡撫南居益方面派出千總陳士瑛前往巴達維亞交涉，要求荷蘭人停止對中國沿海的進犯。陳士瑛并沒有到達巴達維亞，只是和荷蘭在北大年的領(lǐng)導(dǎo)進行了交涉，雙方并沒有談攏。荷蘭人鐵了心要和明朝直接貿(mào)易，明朝官府鐵了心不讓他們來。
荷蘭人在臺灣大員筑城之后，情況發(fā)生了變化。過去明朝海軍強盛的時候，會在這一帶巡邏，但是現(xiàn)在連巡邏都沒有了，在大員也沒有建立據(jù)點，沒有明確的管轄機構(gòu)。荷蘭人占大員，沒有觸及朝廷的底線。雖然仍有一部分官員極力主張發(fā)兵驅(qū)逐荷蘭人，可是始終沒能實現(xiàn)。大員離明朝統(tǒng)治區(qū)的距離比巴達維亞近得多，所以也能吸引更多的明朝商人，但是明朝的海禁政策越來越嚴，只靠小規(guī)模的走私，荷蘭人還是難以獲取足量的貨物。于是荷蘭人通過明朝海商作為中間人，先是許心素，隨后是鄭芝龍，但是很快，荷蘭人就發(fā)現(xiàn)他們在價格上受制于這些有壟斷地位的中間商。而且，由于明朝海軍的孱弱，荷蘭人沒有像葡萄牙人那樣選擇用賄賂的方式討好明朝官府，而是繼續(xù)進行海盜行為，試圖以武力掌握中國沿海的貿(mào)易。
鄭芝龍接受明朝的招安之后，逐漸成為了中國沿海的海賊王，也開始壟斷貿(mào)易，其海軍也裝備了大量歐式船只和火器，開始有了與荷蘭人叫板的實力。由于鄭芝龍在日本有很深厚的關(guān)系，鄭家船只直接前往日本貿(mào)易，讓荷蘭人的利潤大為減少。荷鄭雙方不斷摩擦，甚至發(fā)生了料羅灣海戰(zhàn)這樣的大規(guī)模對決，鄭芝龍在明朝官府的支持下，有著在荷蘭人看來近乎無窮無盡的船炮，荷蘭人在中國沿海無法和這樣龐大的兵力相對抗。鄭軍雖然一度吃了些虧，但是船只、人員都有源源不斷的補給，很快就擊敗了荷蘭人與海賊劉香的聯(lián)軍，東印度公司所有試圖武力壓服鄭芝龍的嘗試均以失敗告終。
在荷蘭人到來之前，明朝商人是東印度群島土著各邦的最大客戶，他們買走了大量的香料帶回廣東、福建。荷蘭人到來之后，不許明朝船只前往呂宋、高棉、暹羅等地貿(mào)易，威逼明朝商船都前往大員或巴達維亞。爪哇島上的下港原本是一座以華商為主的貿(mào)易中心，荷蘭人強迫當(dāng)?shù)氐娜A人遷往巴達維亞。更大的問題出在胡椒上，明朝商人利用原來的關(guān)系網(wǎng)，深入摩鹿加群島，直接從土著手中購買香料帶回國內(nèi)，荷蘭東印度公司為此想方設(shè)法切斷明朝與摩鹿加群島、安汶島之間的航線，攔截過往的明朝商船。由于荷蘭和西班牙是敵對關(guān)系，荷蘭人對前往呂宋、雞籠的明朝船只也是想方設(shè)法攔截。巴達維亞是因華人而興盛起來的，當(dāng)?shù)氐纳倘撕凸そ硯缀醵际侨A人，如果沒有華人輸入各種物資，繳納賦稅，荷蘭人在巴達維亞根本待不下去，但是華人也遭到荷蘭人的重稅盤剝，受到各種限制。
被各種內(nèi)憂外患折騰得焦頭爛額的崇禎皇帝當(dāng)然不可能注意到這些，但是葡萄牙人注意到了。此時，歐洲的局勢發(fā)生了巨大變化，最近幾年，西班牙在歐洲戰(zhàn)場上的處境十分不利，接連被法國擊敗。借著加泰羅尼亞大起義的機會，葡萄牙也脫離了西班牙的統(tǒng)治。荷蘭的長達七十多年的獨立戰(zhàn)爭就要結(jié)束了，澳門當(dāng)局認為，西班牙很快就會承認荷蘭的地位，與之停戰(zhàn)，但是，荷蘭東印度公司對葡萄牙殖民地的攻擊絕不會因此停止。馬六甲已經(jīng)被荷蘭人奪走了，由于阿曼的崛起，葡萄牙在印度洋西岸的勢力退縮到了莫桑比克，還面臨當(dāng)?shù)厝说念l繁抵抗，葡萄牙人目前需要拼死保衛(wèi)澳門、科倫坡、果阿，實在是沒有余力去顧及邊遠的帝汶了。帝汶有豐富的檀香資源，也是葡萄牙離香料群島最近的據(jù)點，然而那里離澳門的直線距離超過三千六百公里，又在荷蘭人的控制區(qū)背后，葡萄牙人要維持在那里的統(tǒng)治是十分困難的事情，很大程度上僅僅是靠當(dāng)?shù)夭孔迨最I(lǐng)的合作。要想真的在帝汶站穩(wěn)腳跟，必須有足夠多的移民，修建起要塞和碼頭。澳門的葡萄牙人當(dāng)然沒有這么多人口，所以他們希望和荷蘭建設(shè)巴達維亞一樣用華人去殖民。