咸豐十一年（1861）五月，太平軍李仁壽部占領(lǐng)永康，各鄉(xiāng)民團(tuán)拼命頑守，太平軍時(shí)進(jìn)時(shí)退。八月太平軍數(shù)萬人在天安蕭大富率領(lǐng)下，占領(lǐng)縣城，派出魏天福打館芝英。太平軍告示安民，全縣各地“每家門首掛一門牌”，各鄉(xiāng)每路設(shè)立兵卡，全縣除方巖山及絕塵山均在太平軍占領(lǐng)之下。
同治元年（1862）四月十一日，地方民團(tuán)分幾路攻打縣城，隱蔽在東庫一帶的太平軍乘民團(tuán)立腳未穩(wěn)之時(shí)，從敵背后和側(cè)翼出擊，打得民團(tuán)措手不及，殺死殺傷民團(tuán)無數(shù)，生擒者達(dá)萬余人。翌日，蕭大富率百數(shù)十名太平軍戰(zhàn)士，向李溪迎擊民團(tuán)，在牛筋嶺山曲遭民團(tuán)伏擊，全部遇難。十四日民團(tuán)合圍縣城，守城太平軍英勇拼殺，堅(jiān)守陣地，民團(tuán)連攻三天不能前進(jìn)半步。十七日，金華、武義數(shù)萬太平軍從桐琴增援永康，打得民團(tuán)土崩互解。此后，縣城由憫天義駐守，分踞于芝英的有朱、陸、龔三首領(lǐng)。此期間，忠王李秀成、首王范汝增等過往永康太平軍將士“不知其幾十萬數(shù)，合邑鄉(xiāng)村，此往彼來，無處不到?！笔率迦?，太平軍退至南宅，接著退至東陽湖頭陸一帶打館。同治二年（1863）正月十三日，駐永太平軍撤離永康，永康多為清閩軍總兵林文察進(jìn)占。
太平軍”一稱的產(chǎn)生，源于太平天囯從金田團(tuán)營到定都后半載，其間長達(dá)3年時(shí)間里，一直以“太平”為號。初時(shí)沒有國號，洪秀全稱“太平王”，后雖改稱“天王”，建國號“太平天囯”，但旗幟上寫的始終有“太平”而無“天國”，見于記載者如“太平廣西桂平黃旗”“太平水營”“太平左軍主將”等等。太平天囯關(guān)于軍隊(duì)建制的紅頭文件-《太平軍目》初刻版中對旗幟的規(guī)定也是書“太平”而不書“天囯”。（此系“太平”政權(quán)之“軍目”而非“太平軍”之目，如太平天囯早期刊刻的官方文書俱稱“太平條規(guī)”“太平詔書”等）擁護(hù)他們的老百姓看到他們總是打著“太平”旗號，就把他們叫做“太平軍”了。
1854年，太平軍攻克廬州，打出了“太平天囯春官正丞相功勛加一等胡”的旗號，這是現(xiàn)有最早的“太平天囯”字樣出現(xiàn)于旗號上的記載，從那以后，把太平天囯的軍隊(duì)叫“太平軍”的就很少了，對其有好感者多稱“天軍”“圣兵”“西兵”“長毛”，敵對者則稱“賊”稱“匪”，只有在他們早年曾經(jīng)活動過，且又頗得擁護(hù)的地區(qū)，才仍舊有“太平軍”的稱呼流傳。這個(gè)稱呼顯然是自發(fā)自愿的，因?yàn)樘教靽虢y(tǒng)治者不會要求別人叫他們“太平軍”，而投機(jī)討好者也只會叫“天軍”“圣兵”，故而這個(gè)稱呼可以說包含了民眾不帶強(qiáng)制性地對“太平”政權(quán)的認(rèn)可。
清末民初，革命黨人以太平天囯事跡為反清號召，“太平軍”這一稱呼又被孫中山等兩廣籍的革命黨人推而廣之，及至張學(xué)良于1928年末宣布東北易幟，國民政府在形式上于1929年完成了“統(tǒng)一”，南京國民黨中央宣傳部即于次年就禁止誣蔑太平天囯案，函請內(nèi)政部，教育部參考酌辦，不久正式出臺規(guī)定“嗣后如有記述太平史實(shí)者，禁止沿用粵賊諸稱，而代以太平軍或相應(yīng)之名稱”，從那時(shí)起，“太平軍”才儼然成為了太平天國軍隊(duì)的正式名稱，以致真?zhèn)文骈L達(dá)半個(gè)多世紀(jì)，并為史學(xué)研究者們延用至今。