第十六章 GCCGCCAGTTCC
傍晚，他被接二連三的電話吵醒。三家測(cè)序公司全都散發(fā)著大號(hào)拖延癥的氣質(zhì)，像是約好了一樣，在承諾時(shí)效的前一天晚上才和他溝通。
溝通的內(nèi)容無(wú)非就是懷疑樣本被污染了，所以提前聲明不對(duì)測(cè)序結(jié)果的解讀負(fù)責(zé)。
盧赫見怪不怪地一頓“嗯嗯啊啊好好好”迅速把他們都給打發(fā)了，隨后郵箱被測(cè)序報(bào)告塞滿。
他從床上爬起來(lái)，穿戴整齊，甚至用梳子蘸水梳了頭發(fā)。
隨后他鄭重地走下樓，走進(jìn)細(xì)胞間，一屁股坐在電腦前，伸手去手撈椅背，把正在忙碌的菜菜一把拽了過(guò)來(lái)。
“歇會(huì)兒歇會(huì)兒，陪我吃瓜?！?p> 這次他們率先打開了基因組原始數(shù)據(jù)?；鶞?zhǔn)30億個(gè)堿基對(duì)，有效分析了30億個(gè)堿基對(duì)。GC含量57%。
怎么還是這么高？
兩人的腦袋湊在一起，緊盯著屏幕上緩緩滑過(guò)的密密麻麻的字符。這次依然是滿屏的紅和綠，但紅多綠少。
“停！”菜菜指著剛掠過(guò)的一段字符驚呼，“你看這段，GCCGCCAGTTCC，這不是終止子嗎？”
盧赫定睛一看，“是啊，這是轉(zhuǎn)錄終止修飾點(diǎn)，而且是依賴Rho因子[1]的的轉(zhuǎn)錄終止?！?p> “終止，好多終止，全是終止！”菜菜又一次驚呼，“停！這段，GC區(qū)[2]下游怎么沒(méi)有TATA區(qū)[3]啊。我只知道組蛋白可以沒(méi)有GC區(qū)，這沒(méi)有TATA區(qū)的是什么鬼??？”
鼠標(biāo)繼續(xù)翻動(dòng)，兩人逐漸陷入沉默。
許久之后，盧赫打破了這死寂的氣氛，但從他嘴里說(shuō)出的并不是菜菜所期待的正經(jīng)話。
“真是離譜他媽給離譜開門，離譜到家了?！彼吀锌咟c(diǎn)開了剛剛下載好的線粒體基因，在軟件加載期間合了好幾下眼。
軟件加載完成，線粒體基因沒(méi)有太多注釋，可翻了幾下后，兩人還是猶如半截木頭般僵在那里。從地下室天窗投射出的一縷橙紅色的陽(yáng)光，緩緩從盧赫的臉上掠過(guò)，他連眼睛都沒(méi)眨一下。
漸漸的，天色完全暗下來(lái)，電腦屏幕上反射出天花板上白熾燈管的輪廓，正好遮擋住屏幕的正中央。
“GGAGGGCGAGGCTCCGTCCTAGCCTTG。。?！北R赫偏了偏頭，默念著其中的一段堿基序列，重啟電腦進(jìn)了Linux，然后在命令行下快速敲擊。
一頓操作下來(lái)，他揉著脖子對(duì)著黑色背景下一格一格往前爬的亮白色進(jìn)度條沉思。一旁的菜菜瞇著眼睛念出命令行中的小字：“CRISPR。。。Cas。。。Finder？你不會(huì)真以為他會(huì)有CRISPR系統(tǒng)吧？這太荒誕了。”
盧赫揉亂了自己的頭發(fā)，“葫蘆上藤上結(jié)南瓜。咱們搞研究的，總得有點(diǎn)兒想象力吧?！?p> 不一會(huì)兒，軟件裝好了。他在命令行敲出一大行命令：perl CRISPRCasFinder.pl -in Stupid_Turtle.fna -out Stupid_Turtle_crispr_cas -def General -cas -ccvr -ccc -gscf -keep -html -cpuM 32 -cpuP 32 -xr 555 -md 50 -t 50
按下回車鍵后，藏在桌子背面的大機(jī)箱嗡嗡地運(yùn)轉(zhuǎn)了起來(lái)。
“法國(guó)人搞出來(lái)的開源軟件，能預(yù)測(cè)CRISPR序列和Cas的位置。他究竟是不是大細(xì)菌，是什么樣的大細(xì)菌，等會(huì)兒一目了然?！?p> 他說(shuō)完戳了戳還在發(fā)愣的菜菜，“喂，怎么還僵著呢。你對(duì)新事物的接受能力完全不行啊?？磥?lái)老呆在這兒干體力活也不行，回頭你每周給我做兩次文獻(xiàn)匯報(bào)吧。記得看最新的，保準(zhǔn)跟科幻小說(shuō)一樣給你看得一愣一愣的。”
進(jìn)度條一點(diǎn)一點(diǎn)往前走，即將100%。菜菜目不轉(zhuǎn)睛神色緊張，好像那些閃爍跳躍的格子是追在她身后的怪物，“你別說(shuō)話了，我緊張，萬(wàn)一他是外星人怎么辦？”
“哈哈?！北R赫笑出聲來(lái)，“你可真是太保守了，你應(yīng)該這樣想：萬(wàn)一他不是人怎么辦？你之前不是說(shuō)他是大細(xì)菌嗎？”
正說(shuō)著，軟件運(yùn)行完畢，一個(gè)本地網(wǎng)頁(yè)自動(dòng)彈了出來(lái)。
Confirmed CRISPRs： 31
ID: 01
CRISPR start position: 260130 ---------- CRISPR end position: 260390 ---------- CRISPR length: 260
DR consensus: GGAGGGCGAGGCTCCGTCCGGGCCGGAT
DR length: 28 Number of spacers: 3
ID: 02
......
盧赫稍加瀏覽，連連贊嘆，“嘖嘖嘖，31個(gè)，還不少呢?！?p> 身邊的菜菜突然起身，摘掉手套，從-20冰箱里掏出一個(gè)帶冰渣的飯團(tuán)，扔到了微波爐里。一分鐘后，細(xì)胞間里漸漸彌漫著蛋黃醬的香氣。
她打開微波爐，拿出熱好的飯團(tuán)一屁股坐回電腦前，從抽屜里抽出一張紙，包著飯團(tuán)，旁若無(wú)人地徑直往嘴邊送。
盧赫在一旁驚地說(shuō)不出話來(lái)。
吃下一大口后，菜菜嘴角帶著飯粒含糊不清地說(shuō)：“我腦子轉(zhuǎn)不動(dòng)，我餓了，我缺葡萄糖，我心沒(méi)你大，我接受不了?！?p> 盧赫看著面前腮幫鼓鼓囊囊的小倉(cāng)鼠，不忍責(zé)怪。但他也沒(méi)輕易放過(guò)她，而是懷著惡趣味幽幽開口：“你知道線粒體夏娃嗎？”
對(duì)方連連搖頭，“我只知道Y染色體亞當(dāng)?！?p> “差不多是一個(gè)意思。在人類精卵細(xì)胞融合時(shí)，只有卵細(xì)胞中的線粒體被保留，因此線粒體基因是母系遺傳。線粒體夏娃在進(jìn)化學(xué)中被認(rèn)為是人類的共同母系祖先，即現(xiàn)在所有人的線粒體基因都來(lái)自于她的線粒體?！?p> “假設(shè)，初始種群中有100個(gè)女性，或者說(shuō)是有100個(gè)不同的線粒體基因組并且種群數(shù)量保持恒定。如果它們?cè)诠δ苌蠜](méi)有差別，不造成其它的自然選擇壓力，那么理論上在200代之后，最初100個(gè)不同線粒體中只有一個(gè)就會(huì)擴(kuò)散到整個(gè)種群中，其余的全部丟失。這個(gè)獨(dú)一無(wú)二的線粒體的主人，就是線粒體夏娃。”
“線粒體基因是十分穩(wěn)定的，每隔600代才能產(chǎn)生具有種群意義的突變。目前，不同種族之間線粒體基因組的差異僅為0.32%。通過(guò)追溯不同人種線粒體DNA突變前的原型，線粒體夏娃被鎖定為20萬(wàn)年前的非洲人?！?p> 盧赫說(shuō)完，靜靜期待著菜菜的反應(yīng)?？蓪?duì)方只是不以為然地啃了一口飯團(tuán)，“所以呢？你是想說(shuō)不論我膚色多白手氣多好，都跟你一樣是非洲人？”
“你個(gè)死腦筋啊?！北R赫點(diǎn)了點(diǎn)自己的太陽(yáng)穴，“想想，用這兒想想。人類的線粒體都遺傳自同一位祖先，海晝天的和普通人的不一樣，這意味著什么？”
“意味著他不是非洲人？他在20萬(wàn)年前就和咱們不是一個(gè)物種了！”菜菜恍然大悟道。
盧赫欣慰地點(diǎn)了點(diǎn)頭，“還有，你知道線粒體是怎樣誕生的嗎？”
“你不會(huì)是想提內(nèi)共生假說(shuō)吧？”菜菜停止了咀嚼，用紙巾抹掉了嘴角的蛋黃醬。
“沒(méi)錯(cuò)，你終于上道了。具有氧化磷酸化功能的古細(xì)菌，被早期的真核細(xì)胞吞噬后，二者形成共生關(guān)系。古細(xì)菌被困在真核細(xì)胞內(nèi)，逐漸演化成為了線粒體?！?p> 盧赫又點(diǎn)了點(diǎn)自己的太陽(yáng)穴，“你品，你細(xì)品，是不是細(xì)思恐極，還吃得下去嗎？”
菜菜放下了吃得只剩一口的飯團(tuán)，取下頭套，揉亂了自己的頭發(fā)，“我頭癢，我可能要長(zhǎng)腦子了。你的意思難道是，早在15億年前，海晝天就和我們不是一個(gè)祖先了，他的祖先吞噬了已演化出CRISPR功能的大細(xì)菌，并且把這個(gè)功能保留了下來(lái)？”
盧赫點(diǎn)了點(diǎn)頭，“孺子可教也。但這只是其中一種可能，另外一種可能是：他被編輯過(guò)?！?p> -------------------------------------
[1]依賴Rho因子的的轉(zhuǎn)錄終止：Rho因子是一種大分子蛋白，可結(jié)合在新生的RNA鏈上，借助水解ATP獲得能量推動(dòng)自身沿著RNA鏈移動(dòng)，但移動(dòng)速度比RNA聚合酶慢。當(dāng)RNA聚合酶遇到終止子時(shí)便發(fā)生暫停，Rho因子得以趕上酶。Rho因子與RNA聚合酶相互作用，使RNA、RNA聚合酶與自身一起從DNA上釋放下來(lái)，以防占著茅坑不拉屎。
[2]GC區(qū)：控制轉(zhuǎn)錄起始的頻率，基本不參與轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)的確定。
[3]TATA區(qū)：確定轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)，使轉(zhuǎn)錄能夠精準(zhǔn)地開始與結(jié)束。