三、對(duì)西、南少數(shù)民族
建武十二年（36年），九真郡徼外蠻里張游內(nèi)附漢朝，光武帝封為歸漢里君。翌年，南越徼外蠻夷獻(xiàn)白雉、白菟。
至十六年，交址郡女子征側(cè)及其妹征貳造反，攻擊郡城。九真、日南、合浦的少數(shù)民族都紛紛響應(yīng)，攻陷六十五城，自立為王。交址刺史及諸太守僅得自守。光武帝乃詔長(zhǎng)沙、合浦、交址具車船，修道橋，通障溪，儲(chǔ)糧谷。建武十八年（42年），光武帝派遣伏波將軍馬援、樓船將軍段志，發(fā)長(zhǎng)沙、桂陽(yáng)、零陵、蒼梧兵萬(wàn)余人討之。翌年夏四月平定叛亂，斬征側(cè)、征貳等，其余都投降，將其渠帥三百余口遷徙到零陵。
光武帝在位時(shí)，武陵蠻強(qiáng)盛。建武二十三年（47年），武陵蠻精夫（酋長(zhǎng)）相單程等據(jù)其險(xiǎn)隘，騷擾郡縣。光武帝遣武威將軍劉尚發(fā)南郡、長(zhǎng)沙、武陵兵萬(wàn)余人，乘船溯沅水入武溪討伐武陵蠻，全軍覆沒。建武二十四年（48年），相單程等下攻臨沅，光武帝派遣謁者李嵩、中山太守馬成討伐，不能消滅。翌年春，光武帝又遣伏波將軍馬援、中郎將劉匡、馬武、孫永等率兵至臨沅，擊破相單程，相單程投降，東漢在當(dāng)?shù)卦O(shè)置吏司，武陵蠻問題遂告解決。
光武帝平定公孫述后，亦開始經(jīng)營(yíng)西南夷地區(qū)。他封保境安民的益州郡太守文齊為鎮(zhèn)遠(yuǎn)將軍、成義侯，承認(rèn)邛都夷人長(zhǎng)貴的邛谷王、越巂太守的地位。對(duì)于少數(shù)民族叛亂則予以鎮(zhèn)壓，如建武十八年（42年），夷渠帥棟蠶與姑復(fù)、楪榆、梇棟、連然、滇池、建伶、昆明諸種反叛，殺長(zhǎng)吏。光武帝于翌年派遣武威將軍劉尚等發(fā)廣漢、犍為、蜀郡人及朱提夷，合萬(wàn)三千人討伐，建武二十年（44年）與棟蠶等連戰(zhàn)數(shù)月，全部擊破。
翌年正月，追至不韋，斬棟蠶帥，平定云南地區(qū)，同時(shí)劉尚又派兵誅殺了企圖借勞軍為名毒殺他的長(zhǎng)貴，遷徙其家屬于成都。建武二十七年（51年），哀牢王賢栗等率部眾向越巂太守鄭鴻投降，請(qǐng)求內(nèi)屬。光武帝封賢栗等為君長(zhǎng)。從此哀牢每年都來(lái)朝貢。
四、對(duì)東、北少數(shù)民族
建武年間，東夷各族都來(lái)東漢朝貢覲見。建武二十五年（49年），夫余王遣使奉貢，光武帝給予豐厚回報(bào)，于是每年都有使者朝貢。
王莽時(shí)，貶高句驪王為下句驪侯，導(dǎo)致東北邊疆不安。光武帝即位后，高句驪遣使朝貢，光武帝復(fù)其王號(hào)。建武二十三年（47年）冬，句驪蠶支落大加戴升等萬(wàn)余口詣樂浪郡內(nèi)屬。建武二十五年（49年）春，句驪侵?jǐn)_右北平、漁陽(yáng)、上谷、太原，遼東太守祭肜以恩信招撫，于是又歸順漢朝。另一方面，光武帝廢除了控制沃沮的樂浪東部都尉，封其渠帥為沃沮侯，后沃沮臣屬句驪。
光武帝初年，烏桓與匈奴聯(lián)合騷擾邊境，代郡以東尤被其害。建武二十一年（45年），光武帝派遣伏波將軍馬援將三千騎出五阮關(guān)攻擊烏桓，未能成功。建武二十二年（46年），匈奴內(nèi)亂，烏桓趁機(jī)擊破匈奴，光武帝就向?yàn)趸纲?zèng)送布帛。建武二十五年（49年），遼西烏桓大人郝旦等九百二十二人歸順東漢，光武帝乃命大會(huì)勞饗，賜以珍寶。烏桓或愿留宿衛(wèi)，封其渠帥81人為侯王君長(zhǎng)，都居于塞內(nèi)，負(fù)責(zé)招撫烏桓部落，并為東漢偵察情報(bào)，協(xié)助攻擊匈奴、鮮卑。
后光武帝依據(jù)司徒掾班彪的建議，恢復(fù)設(shè)置護(hù)烏桓校尉。
另一方面，鮮卑也在光武帝初年與匈奴、烏桓騷擾北部邊境。建武二十一年（45年），鮮卑與匈奴入侵遼東，被祭肜擊破，全軍覆沒，由此畏懼東漢。建武二十五年（49年），鮮卑開始遣使朝貢東漢，后鮮卑都護(hù)偏何協(xié)助漢朝擊潰北匈奴，得到賞賜。建武三十年（54年），鮮卑大人于仇賁、滿頭等率種人來(lái)到洛陽(yáng)朝賀，正式歸順漢朝。光武帝封于仇賁為王，滿頭為侯。
外交上：
一、漢倭奴國(guó)金印。早在漢朝時(shí)期，日本列島已經(jīng)有國(guó)家向中國(guó)奉貢朝賀了。在中國(guó)古代史籍中，最早對(duì)日本作出具體記載的是《三國(guó)志·魏書》的《倭人傳》。該傳認(rèn)為在中國(guó)漢朝時(shí)，倭國(guó)已開始遣使交通，“漢時(shí)有朝見者”。劉秀還是中國(guó)歷史上最早接見日本使者的帝王。
建武中元二年（57年），劉秀接見倭國(guó)使者，使者表示愿為漢臣藩。求漢皇賜名，漢以其人矮，遂賜“倭國(guó)”。并向倭人“賜以印綬”之事。[68]使者又求漢皇賜封，劉秀又賜其為“倭奴王”。當(dāng)時(shí)，日本想借著臣屬于漢王朝樹立自己權(quán)位和王位。因此舉國(guó)大喜。1784年在日本九州地區(qū)福岡縣的志賀島上，一個(gè)名叫甚兵衛(wèi)的農(nóng)民發(fā)現(xiàn)了一件古物——一枚中國(guó)漢朝時(shí)期的金印。上面刻有“漢委奴國(guó)王”三行五個(gè)字的金印，便是中國(guó)《后漢書》里記載的劉秀所賜印章。
該金印被認(rèn)為是劉秀授予當(dāng)時(shí)日本倭奴國(guó)主作為藩屬國(guó)的認(rèn)證。而劉秀之所以賜給委奴國(guó)王蛇鈕金印，以諸侯王的規(guī)格相待，說明漢朝對(duì)于委奴國(guó)遣使的高度重視，廣言之，也就是對(duì)于與日本列島交往的重視。
二、從公元93年起，南匈奴內(nèi)部的關(guān)系和東漢之間的關(guān)系日趨緊張。在以后的100年中，形勢(shì)變得越來(lái)越復(fù)雜和難以捉摸，他們時(shí)而公開沖突，時(shí)而進(jìn)行有限的合作。在公元2世紀(jì)末，南單于在山西南部居住，這里大大地靠近了東漢帝國(guó)的中央部分。
他們的后代于公元308年就在這里起來(lái)反對(duì)西晉。西晉之亡，中國(guó)北部的喪失和持續(xù)到公元589年的分裂時(shí)期，是光武帝的目光短淺的政策的直接后果。他后來(lái)的幾個(gè)皇帝由于沒有更正他的錯(cuò)誤，盡可能的以分散和同化的手段削弱南匈奴，所以也應(yīng)該受到指責(zé)，但作為錯(cuò)誤的源頭，光武帝劉秀還是負(fù)主要責(zé)任。一朝引狼入室，禍患不會(huì)一下而止。