艾麗斯從第一集的生化喪尸中逃離，可是她卻依然逃不出生化危機(jī)的惡夢。經(jīng)過保護(hù)傘公司地下生化實(shí)驗(yàn)室的改造，她被賦予了超人的力量速度和感知能力，現(xiàn)在她必須擔(dān)負(fù)起保護(hù)人類的工作，繼續(xù)和喪尸的戰(zhàn)斗。

　　T－病毒仍然在拉科恩城內(nèi)肆虐蔓延，那些感染病毒的喪尸也成為威脅整個人類的因素，必須在它們更加強(qiáng)大之前找到T－病毒的來源和有效控制它的方法，以解決整個人類陷入基因突變的絕境。為了這個目的，同時也是為了找出和拯救浣熊市內(nèi)可能幸存的同胞，艾麗斯和剛剛遭到降職處分的特種防衛(wèi)隊(duì)隊(duì)員吉兒、以及佩頓、L.J.、泰瑞以及隊(duì)長卡洛斯組成調(diào)查組，再一次深入到拉科恩城腹地。

　　除了面對喪尸大軍、變種怪物，他們遇到了更加強(qiáng)大的敵人，這個被稱為“復(fù)仇女神（Nemesis）”的怪物是第一集中受傷的馬特在接受保護(hù)傘公司的“耐密斯計(jì)劃”之后變異而成，它被輸入了毀滅一切生物的指令，并且它還擁有強(qiáng)大的電磁炮和火箭彈擁有驚人的破壞力。

　　故事最終，保護(hù)傘公司在逼不得已的情況下，開啟最終計(jì)劃“消毒”，說是“消毒”，其實(shí)是使用核彈將整個城市毀滅。但是最終病毒并沒有完全消滅……