王朝更迭之際，散處在各地的宣教士，由于環(huán)境不同，對(duì)當(dāng)時(shí)的政局變動(dòng)各自作出了不同的反應(yīng)。如意大利人艾儒略、陽(yáng)瑪諾，在福建延平艱苦地著書(shū)、傳教；在南京的畢方濟(jì)則充當(dāng)了明福王的使臣，前往澳門(mén)向葡萄牙人搬救兵，后畢方濟(jì)一直活躍在南明各政權(quán)當(dāng)中；在成都的利思類(lèi)、安文思，則當(dāng)上了大西國(guó)皇帝張獻(xiàn)忠的“天學(xué)國(guó)師”。
當(dāng)時(shí)湯若望和龍華民都留在北京宣武門(mén)的教堂內(nèi)，本來(lái)清軍下令內(nèi)城居民一律限三日搬出，以便讓八旗兵民居住。湯若望上奏清廷，請(qǐng)求準(zhǔn)許留住城內(nèi)。出乎意料的是奏折遞上去第二天就得到攝政王多爾袞的批復(fù)，準(zhǔn)許他們安居天主堂，不許各旗兵弁滋擾。不久，湯若望被召入朝，多爾袞詢問(wèn)重修歷法之事，任命他為欽天監(jiān)監(jiān)正。順治二年（1645）啟用新歷，頒行天下。因治歷有功，次年湯若望被加太常寺少卿銜，并獲賜宣武門(mén)內(nèi)天主堂側(cè)空地一塊，由孝莊文皇太后率親王官紳出資，重建教堂。
順治親政后，與湯若望關(guān)系甚密，賜號(hào)“通玄教師”，為教堂書(shū)匾“通玄佳境”，并親撰《御制天主堂碑記》，褒獎(jiǎng)湯若望治歷之功，贊揚(yáng)其信仰。為了表示尊敬，順治帝稱湯若望為“瑪法”，是滿語(yǔ)中對(duì)長(zhǎng)輩的尊稱。又準(zhǔn)他每日隨意出入朝中，凡有啟奏，可以徑直進(jìn)入內(nèi)廷，不循常例。不過(guò)湯若望每次苦勸順治信教，都沒(méi)有結(jié)果。
順治年間（1644—1661）天主教在華宣教取得巨大果效，據(jù)1664年統(tǒng)計(jì)，當(dāng)時(shí)耶穌會(huì)已在中國(guó)直隸（今河北）、山東、山西、陜西、河南、四川、湖廣（今湖南、湖北）、江西、福建、浙江、江南（今江蘇）11省傳教建堂，共有教徒114200人。
一、 歷法之爭(zhēng)
1662年，順治去世，年僅8歲的玄燁即位，年號(hào)康熙。國(guó)家政務(wù)由索尼、遏必隆、蘇克薩哈、鰲拜4個(gè)輔政大臣掌管。其中鰲拜專權(quán)，扶植親信，打擊異己，飛揚(yáng)跋扈，不可一世。早在順治末年，官生楊光先就曾上書(shū)，指責(zé)湯若望等造歷謬誤，未得理睬?，F(xiàn)在他看準(zhǔn)鰲拜被喜歡宣教士，再次發(fā)難，更加激烈地對(duì)湯若望等西方宣教士進(jìn)行全面攻擊，指責(zé)《時(shí)憲歷》敢用“依西洋新法”五字，是暗竊正朔以尊西洋，“明示天下以大清奉西洋正朔”。另外，湯若望將大清歷書(shū)只編至二百年，意思是要大清王朝短命而亡。楊光先攻擊宣教士圖謀顛覆清朝，以修歷為名，陰行邪教，窺探朝廷機(jī)密，屯兵澳門(mén)，接渡海上往來(lái)。因此要求將湯若望等正法。這番蠱惑人心、聳人聽(tīng)聞的煽動(dòng)，果然引起了清廷的疑慮，社會(huì)上儒家、佛家等仇視天主教的也群起附和。于是，1664年輔政大臣下令逮捕湯若望，當(dāng)時(shí)湯若望已73歲高齡，又患中風(fēng)，四肢癱瘓，口齒不清，受審時(shí)只好由其助手南懷仁代為申辯。一時(shí)冤獄大興，南懷仁、利類(lèi)思、安文思及各省宣教士紛紛被捕。當(dāng)年秋、冬，吏部、禮部進(jìn)行調(diào)查審訊，清廷也派人到廣東查核，并未查實(shí)。但結(jié)果仍是楊光先勝訴，將湯若望判處凌遲，其他人分別斬首流徒。恰逢北京發(fā)生強(qiáng)烈地震，京師人心恐慌，以為獄訟不公，天象示警?？滴醯鄣淖婺感⑶f文太皇太后出面干預(yù)，輔政大臣將湯若望案件奏請(qǐng)?zhí)侍蠖▕Z，太皇太后閱奏后大為不悅，將奏折扔在地上。斥責(zé)輔政大臣，下令釋放。宣教士們幸免于難，但支持新歷的5名中國(guó)官員（均為天主教徒）仍被處決，一些信教官員被革職。
惡意排斥西法的楊光先雖然取得了勝利，但他接任欽天監(jiān)正，實(shí)在是用人不當(dāng)，因?yàn)樗臍v算知識(shí)甚為有限，監(jiān)內(nèi)工作一片混亂，屢次錯(cuò)測(cè)節(jié)氣時(shí)日，錯(cuò)報(bào)日月食的時(shí)間。所用《大統(tǒng)歷》、《回回歷》都是過(guò)時(shí)歷法，須作根本改訂。楊光先自知力難勝任，再三要求辭職，但未獲準(zhǔn)許。
1668年，14歲的康熙帝與鰲拜的矛盾日益尖銳，在歷法這一敏感問(wèn)題上首先表現(xiàn)出來(lái)。當(dāng)時(shí)欽天監(jiān)的錯(cuò)誤已鬧得滿城風(fēng)雨，而鰲拜仍極力回護(hù)?？滴跽偌瘲罟庀取⒛蠎讶室黄鹩懻撎煳臍v法。命大學(xué)士和他們一起到觀象臺(tái)，預(yù)推正午日影所止之處，經(jīng)過(guò)3天實(shí)地測(cè)驗(yàn)，南懷仁推測(cè)無(wú)誤，楊光先等都有誤差。康熙命南懷仁審查楊光先所訂歷書(shū)，結(jié)果錯(cuò)誤百出。為了進(jìn)一步驗(yàn)證，康熙又安排了立春、雨水兩個(gè)節(jié)氣以及月亮、火星、木星運(yùn)行的五項(xiàng)測(cè)驗(yàn)，令大臣們共同觀察，結(jié)果南懷仁所言逐款皆符，而楊光先逐款不合。西洋歷法以實(shí)際測(cè)算的準(zhǔn)確性取得勝利，楊光先被革職，他還喋喋不休地抗辯，被康熙斥罵了一頓，逐回原籍，中途病死。1669年康熙親政，為湯若望平反，親撰祭文并參加葬禮。
歷法之爭(zhēng)最后告終，南懷仁接任欽天監(jiān)正，此后，許多宣教士在他的推薦下來(lái)到北京，在清廷供職。他們有的從事天文歷法，改造北京觀象臺(tái)，制作天文儀器；有的出入宮廷，充當(dāng)皇家教師，給康熙講授數(shù)學(xué)、天文、物理知識(shí)；有的從事音樂(lè)、繪畫(huà)、雕刻；有的在造辦處，指導(dǎo)工人制作自鳴鐘和其它機(jī)械；還有的協(xié)助清政府制作全國(guó)地圖，在各省實(shí)地測(cè)繪，準(zhǔn)確地完成了著名的《皇輿全覽圖》。
隨著湯若望冤獄的興起，全國(guó)范圍內(nèi)展開(kāi)針對(duì)宣教士的大搜捕，信徒的宗教活動(dòng)亦被禁止。湯若望被平反后，被捕的二十余位宣教士仍被關(guān)押在廣東，各省仍禁止天主教活動(dòng)。于是，在京神父?jìng)儾扇×艘豁?xiàng)大膽的行動(dòng)，決意辭去歷官職務(wù)。康熙知道他們的用意，便派國(guó)舅佟國(guó)綱慰留，并且告訴他們姑且忍耐等待，因?yàn)槌猩杏性S多反教的人，驟弛禁教令恐有不妥。神父?jìng)円蚨阑实鄄o(wú)仇教之意，便達(dá)致諒解。
直到1670年，康熙才頒布開(kāi)釋宣教士的上諭，一方面準(zhǔn)許廣州25位教士各歸本堂，一方面不準(zhǔn)添立教堂，也不準(zhǔn)中國(guó)人入教。雖有諸多限制，但宣教工作終歸又可以合法展開(kāi)?？滴醯蹖?duì)南懷仁十分信任、友好和尊敬，且對(duì)其他宣教士也十分友好和寬容，歷次南巡，所到之處，經(jīng)常召見(jiàn)宣教士，詢問(wèn)他們的生活與工作。1693年，康熙患瘧疾，太醫(yī)久治不愈，宣教士張誠(chéng)送上南洋帶來(lái)的奎寧，一服而愈。為表謝意，康熙賜地建堂，名“救世主堂”，即今北堂前身。宣教工作在康熙朝前40年，取得較大進(jìn)展。
二、 禮儀之爭(zhēng)
正當(dāng)在華宣教事業(yè)進(jìn)展順利之時(shí)，教會(huì)內(nèi)部卻因禮儀問(wèn)題發(fā)生爭(zhēng)執(zhí)，史稱“禮儀之爭(zhēng)”。
《新天主教百科全書(shū)》給“中國(guó)禮儀之爭(zhēng)”的定義有三方面的內(nèi)容：一是士人祀孔；二是家人祭祖；三是中西文中間有關(guān)基督教上帝的語(yǔ)義和語(yǔ)源學(xué)的爭(zhēng)議，稱“譯名之爭(zhēng)”?！白g名之爭(zhēng)”最早發(fā)生在耶穌會(huì)士之間。簡(jiǎn)單地說(shuō)，就是在中文中如何正確地選用適當(dāng)詞匯來(lái)翻譯神的名。是用“天”、“上帝”，還是用“天主”。在華的幾十個(gè)傳教士之間有不同的看法，展開(kāi)了神學(xué)討論。時(shí)至17世紀(jì)30年代，“中國(guó)禮儀之爭(zhēng)”擴(kuò)大到天主教內(nèi)部。關(guān)鍵問(wèn)題仍然是：按天主教教義來(lái)看，在中國(guó)士大夫和民間流行的“祭孔祀天”禮儀是否屬于異端？教會(huì)能否對(duì)已經(jīng)皈依天主教，并參加教堂生活的中國(guó)教徒的祭祖習(xí)慣加以容忍？
這場(chǎng)爭(zhēng)論在中國(guó)和歐洲逐漸涉及不同態(tài)度的四方人員：1、為中國(guó)禮儀抗辯的耶穌會(huì)士，以及由他們帶領(lǐng)的中國(guó)信徒；2、強(qiáng)烈反對(duì)耶穌會(huì)的其他修會(huì)，包括多明我會(huì)、方濟(jì)各會(huì)、奧古斯丁會(huì)、巴黎外方傳教會(huì)；3、對(duì)在華各派傳教士的糾紛難下判斷，而又必須做出裁決的羅馬教廷；4、因外國(guó)教士和教皇干涉中國(guó)事務(wù)而終致惱怒的康熙皇帝。
這場(chǎng)爭(zhēng)論的后果是極不痛快的，爭(zhēng)論中任何一方都未在隨后發(fā)生的事件中獲得什么。相反，各個(gè)修會(huì)都被中國(guó)皇帝逐出境外，羅馬教廷幾乎喪失了經(jīng)歷150年艱辛開(kāi)辟得來(lái)的中國(guó)教會(huì)。而所有對(duì)西方文明有興趣的中國(guó)人，從皇帝到士大夫及基督徒，也失去了接觸西方文明的機(jī)會(huì)。
“中國(guó)禮儀之爭(zhēng)”正式爆發(fā)首先是在福建。由于主持當(dāng)?shù)亟虝?huì)的耶穌會(huì)士艾儒略全面繼承了利瑪竇的傳教路線，被當(dāng)?shù)亟虄?nèi)外紳民譽(yù)為“西來(lái)孔子”。他對(duì)中國(guó)文化采取了十分開(kāi)明的做法，包括允許教徒們進(jìn)祠堂、入孔廟。各地的中國(guó)信徒仍然保持著利瑪竇時(shí)期的舊習(xí)慣。這種寬容做法引起方濟(jì)各會(huì)的反對(duì)。1633年，方濟(jì)各會(huì)士李安堂到達(dá)福建宣教，他對(duì)耶穌會(huì)神父?jìng)兙尤蝗萑探堂穹钚挟惗舜蟾姓痼@，便聯(lián)合多明我會(huì)反對(duì)耶穌會(huì)的做法。
多明我會(huì)在歐洲是神學(xué)權(quán)威，長(zhǎng)期以來(lái)，他們主持教廷的宗教裁判所，對(duì)裁判異端特別有發(fā)言權(quán)。但是多明我會(huì)對(duì)中國(guó)文化問(wèn)題缺乏內(nèi)在的觀察，也沒(méi)有儒家士大夫作朋友，且宣教重點(diǎn)在南洋群島，臺(tái)灣、福建是他們的延伸部分，在中國(guó)內(nèi)地也沒(méi)有宣教士。上述這些對(duì)他們的影響是雙重的：一方面是對(duì)中國(guó)的文字傳統(tǒng)缺乏了解；另一方面是對(duì)福建地區(qū)格外嚴(yán)重的迷信活動(dòng)感觸尤深。
宗教裁判所里的多明我會(huì)神學(xué)家們很少來(lái)過(guò)中國(guó)，他們對(duì)中國(guó)禮儀問(wèn)題的看法基本上是在歐洲形成的。當(dāng)時(shí)歐洲人對(duì)中國(guó)文化的認(rèn)識(shí)，基本上源于《利瑪竇中國(guó)札記》和另一本西班牙人拉達(dá)寫(xiě)的《菲律賓群島的征服·記大明的中國(guó)事情》來(lái)了解。前者代表耶穌會(huì)的觀點(diǎn)，贊同儒家禮儀。拉達(dá)是奧古斯丁會(huì)修士，到過(guò)福建，對(duì)中國(guó)禮儀大驚小怪，他的描寫(xiě)對(duì)當(dāng)時(shí)固執(zhí)己見(jiàn)的歐洲人是觸目驚心的。多明我會(huì)開(kāi)始發(fā)動(dòng)禮儀之爭(zhēng)時(shí)，焦點(diǎn)正是集中在拉達(dá)最初提到的偶像問(wèn)題上。他們堅(jiān)持問(wèn)：中國(guó)人在祭奠先人時(shí)，為什么要把三杯酒中的第一杯酒灑在地上？為什么會(huì)相信人死后，靈魂會(huì)在天上、地下和牌位之間來(lái)來(lái)去去？為什么中國(guó)人見(jiàn)到什么神的牌位就跪拜下去？按基督教神學(xué)觀念，這些確實(shí)不合教義。耶穌會(huì)很難回答。
爭(zhēng)論開(kāi)始只局限在遠(yuǎn)東進(jìn)行，在福州、廣州、馬尼拉，在耶穌會(huì)表示不合作之后，馬尼拉主教決定把矛盾上交到羅馬。1645年，教廷的宗教裁判所的神學(xué)家根據(jù)在閩宣教的多明我會(huì)莫若翰的一面之辭，作出了有利于西班牙會(huì)士的決定。這份被認(rèn)為是羅馬教廷關(guān)于“中國(guó)禮儀之爭(zhēng)”的首號(hào)文件，對(duì)耶穌會(huì)極為不利，且沒(méi)有妥協(xié)余地。但根據(jù)現(xiàn)存的中西文獻(xiàn)看，它在中國(guó)內(nèi)地沒(méi)有馬上產(chǎn)生很大影響。顯然當(dāng)時(shí)中國(guó)正處于戰(zhàn)爭(zhēng)狀態(tài)。
1654年，耶穌會(huì)士衛(wèi)匡國(guó)為“中國(guó)禮儀之爭(zhēng)”專程赴羅馬申辯，他解釋說(shuō)，中國(guó)人的祭祀只是一種社會(huì)性的禮節(jié)，而不是宗教迷信。據(jù)此，教皇亞力山大七世于1656年作出決定：如果中國(guó)禮儀的問(wèn)題如衛(wèi)匡國(guó)所說(shuō)，中國(guó)信徒可以行祭祀之禮。這是“中國(guó)禮儀之爭(zhēng)”的二號(hào)文件，它完全傾向于耶穌會(huì)。
1659年，羅馬傳信部給三位在中國(guó)的巴黎外方傳教會(huì)士發(fā)了一個(gè)不尋常的指示：“不要試圖去說(shuō)服中國(guó)人改變他們的禮儀、他們的風(fēng)俗、他們的思維方式，因?yàn)檫@些并不公開(kāi)地反對(duì)宗教和良善的道德。還有比把法國(guó)、西班牙、意大利，或者任何其他歐洲國(guó)家，出口到中國(guó)去更傻的事情嗎？不是要出口這些歐洲國(guó)家，而是要出口這信仰。這信仰并不和任何種族的禮儀習(xí)俗相矛盾沖突?！?p> 這種明白無(wú)誤的語(yǔ)言代表了十分開(kāi)明的態(tài)度，這本可以使中國(guó)禮儀之爭(zhēng)早早結(jié)束，也可以使以后更多的中西文化沖突得到避免?？上聦?shí)并不如此。同年，當(dāng)已成為濟(jì)南主教的李安堂路過(guò)杭州時(shí)，衛(wèi)匡國(guó)將上述意見(jiàn)和羅馬教諭轉(zhuǎn)達(dá)給他，這大大激怒了他。他從耶穌會(huì)士汪儒望處獲知了幾十年前耶穌會(huì)內(nèi)部對(duì)中國(guó)禮儀問(wèn)題的爭(zhēng)論內(nèi)幕，還看到了龍華民留下的反對(duì)中國(guó)禮儀的文件。這使得李神父信心大增，派出一位方濟(jì)各會(huì)修士去歐洲告狀。
其間（1664—1670），在北京鬧出歷獄，大部分宣教士被驅(qū)逐到廣州，這23位神父（3位多明我會(huì)士，1位方濟(jì)各會(huì)士，余皆耶穌會(huì)士）在廣州耶穌會(huì)院里召開(kāi)傳教史上著名的“廣州會(huì)議”，他們?cè)?0天的會(huì)議中（1667年12月18日—1668年1月26日），對(duì)近百年的中國(guó)傳教活動(dòng)進(jìn)行全面總結(jié)，中國(guó)禮儀問(wèn)題成為激烈爭(zhēng)論的焦點(diǎn)。最后以表決形式通過(guò)議案，大家在中國(guó)禮儀問(wèn)題上繼續(xù)持妥協(xié)態(tài)度。1656年教皇亞力山大七世所作決定得到執(zhí)行。
然而，簽了字的多明我會(huì)修士回到歐洲后，出版了《中國(guó)的傳統(tǒng)歷史、政治與宗教》，繼續(xù)判定中國(guó)禮儀為異端，在西方引起極大反響，得到虔誠(chéng)信徒的支持，使羅馬又一次面對(duì)兩難境地。
在此關(guān)鍵時(shí)刻，中國(guó)又來(lái)了一批法國(guó)巴黎外方傳教會(huì)和教廷直屬傳信會(huì)的教士，其中就有使得中國(guó)禮儀之爭(zhēng)激化得不可收拾的法國(guó)巴黎大學(xué)神學(xué)博士閻當(dāng)主教。1693年，在福建的閻當(dāng)主教發(fā)出命令，要求在他的教區(qū)內(nèi)嚴(yán)禁中國(guó)禮儀，且要摘去各地教堂中仿制的康熙帝賜給湯若望的“敬天”大匾。此外，閻當(dāng)還發(fā)動(dòng)了歐洲的神學(xué)家來(lái)支持他。1700年，經(jīng)過(guò)30次討論，巴黎大學(xué)神學(xué)院定中國(guó)禮儀為異端。當(dāng)時(shí)巴黎大學(xué)正在和耶穌會(huì)展開(kāi)論戰(zhàn)，教皇雖然沒(méi)有馬上支持巴黎大學(xué)神學(xué)院的判斷，但也不得不引起重視。因各方壓力太大，1704年，教皇克萊芒十一世主持全面討論了閻當(dāng)提出來(lái)的非議，結(jié)果斷然決定禁止中國(guó)禮儀。教皇特使鐸羅主教于次年抵達(dá)澳門(mén)，至此中國(guó)禮儀之爭(zhēng)越出了神學(xué)討論的范圍，甚至也不全是文化沖突，而是轉(zhuǎn)化成以羅馬教皇和中國(guó)皇帝為代表的教會(huì)權(quán)力和政治利益的沖突。
三、 禁教政策
康熙開(kāi)始并不想排教，只是想用自己的權(quán)威保全中國(guó)禮儀和天子的體面。他醞釀的重大計(jì)劃是將有100多年歷史的中國(guó)天主教會(huì)收為國(guó)有。辦法是讓所有在華的宣教士效忠自己，脫離與羅馬梵蒂岡的聯(lián)系。他準(zhǔn)備自己做在華天主教的庇護(hù)者。凡愿繼續(xù)在華的教士必須表明遵守中國(guó)禮儀，領(lǐng)得印票才準(zhǔn)傳教。票上寫(xiě)：“西洋某國(guó)人，年若干，在某會(huì)，來(lái)中國(guó)若干年，永不回復(fù)西洋，已經(jīng)來(lái)京朝覲陛見(jiàn)。為此給票。”由內(nèi)務(wù)府發(fā)放，表示康熙視其為家臣。永不回西洋，類(lèi)似現(xiàn)代意義的入中國(guó)國(guó)籍。
康熙對(duì)不愿具結(jié)的傳教士采取了非常嚴(yán)厲的措施，下令將他們驅(qū)逐到澳門(mén)。在清朝皇帝中，康熙是最開(kāi)放、最有西學(xué)興趣的。就個(gè)人而言，他真誠(chéng)地喜歡天主教傳教士帶來(lái)的學(xué)術(shù)和思想，甚至經(jīng)常把天主教教理掛在嘴上，寫(xiě)在詩(shī)文里，因此他設(shè)法不使沖突激化。但是皇帝個(gè)人的學(xué)問(wèn)、思想和信仰上的嗜好，也必須服從王朝的總體利益和形象。祭天、祀孔、法祖，事關(guān)中國(guó)的國(guó)本、教化人民的傳統(tǒng)，他不能做出讓步。
克萊芒十一世在1715年3月再次發(fā)布了嚴(yán)厲的禁令，這道禁令被稱為《自那一天》，因?yàn)榻畹牡谝痪湓捠恰白阅且惶臁?。禁令要求世界各地所有的中?guó)禮儀之爭(zhēng)，都應(yīng)該按本規(guī)定徹底結(jié)束。在內(nèi)容上，此禁令除了重復(fù)1704年以來(lái)的嚴(yán)厲態(tài)度，還增加了一項(xiàng)宣誓內(nèi)容，要求所有在中國(guó)的宣教士和將要訪問(wèn)中國(guó)的人，都簽署一份誓言。誓言的正本或被認(rèn)可的副本，必須交到宗教裁判所，否則不能在中國(guó)擔(dān)任聽(tīng)告解、布道或主持彌撒的工作。
康熙讀到《自那一天》后，批道：“覽此告示，只可說(shuō)得西洋人等小人，如何言得中國(guó)之大理。況西洋人等，無(wú)一通漢書(shū)者。說(shuō)言議論，令人可笑者多。今見(jiàn)來(lái)臣告示，竟是和尚道士、異端小教相同。似此亂言者，莫過(guò)如此。此后不必西洋人在中國(guó)傳教，禁止可也，免得多事?！?p> 康熙之后，雍正、乾隆兩朝都對(duì)天主教采取了嚴(yán)厲的查禁政策，且一直持續(xù)到鴉片戰(zhàn)爭(zhēng)前。天主教的宣教工作從此暫時(shí)轉(zhuǎn)入地下，但從未中斷過(guò)。