智悲沒(méi)有料到，移植靈魂樹(shù)之后帶來(lái)的后果。靈魂樹(shù)移植到太極號(hào)之后，潘多拉星球漸漸地出現(xiàn)了一些奇異變化。
首先，是死神獸的異常，它是潘多拉星球的頂級(jí)捕食者，黑色皮膚帶紅色或黃色條紋，體形有點(diǎn)像地球上的猛虎。死神獸本就兇猛無(wú)比，最近更加暴戾，頻頻攻擊納美人，已經(jīng)連續(xù)出現(xiàn)納美人被吃掉的情況。接著，出現(xiàn)了錘頭雷獸群體攻擊納美人駐地情況，又出現(xiàn)蛙蛇狼群攻擊納美人群的現(xiàn)象，還頻頻出現(xiàn)有重鎧馬、伊卡蘭拒絕與主人聯(lián)連的現(xiàn)象。一切開(kāi)始變得異常詭異，納美人把這些現(xiàn)象都?xì)w結(jié)為靈魂樹(shù)的移植，心中難免怨憤。
更加嚴(yán)重情況出現(xiàn)了，納美人最親近自然，晚上不用人工照明，視力極好，森林樹(shù)木在夜晚能發(fā)出幽藍(lán)色光亮。靈魂樹(shù)移植之后，森林在晚上失去了它的光彩，光線變得越來(lái)越幽暗。白天，樹(shù)葉開(kāi)始卷曲，枝條下垂，森林仿佛失去了活力。這是納美人無(wú)法接受的現(xiàn)實(shí)，納美人的吃穿住行都來(lái)自于森林，森林就是他們的家園，納美人的怨恨與日俱增。
這一日，楊一凡帶領(lǐng)兩名研究人員在森林里面收集精靈水母?？墒峭砩?，沒(méi)有回到營(yíng)地，這是很危險(xiǎn)的事情，就連納美人在夜晚也不敢出去。天亮之后，人們?cè)谏种邪l(fā)現(xiàn)三人的尸體，尸體并沒(méi)有野獸吃掉，而是被摔死在森林里面，是否人為？不得而知。
但是，人們能猜到，楊一凡對(duì)靈魂樹(shù)秘密的發(fā)現(xiàn)，成了納美人殺他的理由。地球人漸漸地回到了太極號(hào)上。潘多拉星球上幾乎沒(méi)有了地球人的蹤跡，只有變形金剛在地下工廠幫助納美人建造太空飛行器。
智悲心知肚明，心中痛苦不堪。坐在佛頭主控室內(nèi)，連通了佛祖意識(shí)，懺悔道：“佛祖，我做錯(cuò)了一件事，毀掉了潘多拉星球！受到了納美人的怨恨！”佛祖說(shuō)：“你發(fā)心是好的，要繼續(xù)發(fā)大悲心，納美人終會(huì)明白，誤會(huì)終會(huì)消失?！?p> 第二天清晨，智悲出現(xiàn)在空中，身長(zhǎng)百丈，端坐蓮臺(tái)，散發(fā)出萬(wàn)道佛光。納美人漸漸匯集到寬闊的草坪上，太極號(hào)的雙層機(jī)殼變得透明，里面的人靜靜地望著空中的智悲。
智悲開(kāi)口道：“我佛慈悲，發(fā)愿要拯救蒼生，然而，拯救靈魂樹(shù)時(shí)，不料傷害了潘多拉星球，也傷害了潘多拉星球上的生靈。太極號(hào)應(yīng)懷著贖罪的心情，投入到納美人飛行器的建設(shè)中。太極號(hào)將再派一支皇極艦隊(duì)，再造一艘太空航母，兩艘航母可以容納下全球的納美人。同時(shí)，太極號(hào)再次向納美人開(kāi)放五萬(wàn)人口的入住名額。以減輕太極號(hào)所造的罪孽！”
智悲言罷，隱去身形，恢復(fù)了虛空。太極號(hào)內(nèi)的人皆低頭懺悔，納美人則面對(duì)虛空跪拜于地。飛行器的建設(shè)更加緊鑼密鼓地進(jìn)行著，太極號(hào)內(nèi)的潘多拉村，納美人從五萬(wàn)變成了十萬(wàn)。
地球人在艙內(nèi)納美人的帶動(dòng)，又開(kāi)始走出艙外，活動(dòng)在潘多拉星球上。納美人的怨恨也收斂起來(lái)，有了兩艘航母，他們的生命將得到更大的保障，完全可以原諒地球人的無(wú)心之過(guò)。星球注定毀滅，家園終將消失，只是時(shí)間早晚一點(diǎn)罷了。
公元2072年，納美人的兩艘航母最終建成，航母形如橄欖球，長(zhǎng)直徑有一千里公里，短直徑有五百公里，為節(jié)省空間，同地球的太空飛碟一樣，內(nèi)部都建成了鋼鐵城市。不同的是橄欖形航母內(nèi)分了七層，能量核在最中間一層。地球的太空飛碟內(nèi)分兩層，中間突出的部分才分了七層，能量核也在中間一層。
親近自然的納美人在他們的航母里內(nèi)布置了很多植物，好像建在客廳內(nèi)的花壇。在靈魂樹(shù)移走的這幾年時(shí)間里，潘多拉星球的森林和動(dòng)物消失了八成，甚至連空氣的成份也發(fā)生了變化。變成了一顆不適人居的星球。兩億納美人分別搬進(jìn)了特魯克號(hào)、伊卡蘭號(hào)航母。
與此同時(shí)，比尼克星球的太空飛行器已建成。其形態(tài)猶如一只飛翔的雄鷹，能量核安放在扇形的尾部，水平展開(kāi)的兩翼達(dá)一千公里，兩翼內(nèi)艙分二層，中部?jī)?nèi)艙分七層。比尼克星球也難再現(xiàn)往日的山清水秀，由于核輻射持續(xù)的影響，許多翼人都得了輻射病，壽命大大地縮短了，比尼克星已變成了一顆不適人居的星球。
好戰(zhàn)的玄翼人最終還是毀掉了自己的家園，比尼克星球上，留下了五百萬(wàn)罪孽深重的玄翼人戰(zhàn)犯，讓他們留在這顆行將毀滅的星球自生自滅。其余四千五百萬(wàn)的翼人全部搬進(jìn)了翼人號(hào)航母。
翼人接到太極號(hào)發(fā)出的信息，最終，依依不舍放棄了他們的家園，駕駛翼人號(hào)來(lái)到了潘多拉星球。智悲和納美人酋長(zhǎng)杰森決定挖盡雷巖，放棄潘多拉星球。太極號(hào)內(nèi)的十支皇極艦艦隊(duì)全部出動(dòng)，在潘多拉星球上，一千八百萬(wàn)個(gè)變形金剛都鉆到地下，挖掘雷巖。
大約三年時(shí)光，雷巖堆滿了十支皇極艦艦隊(duì)的內(nèi)艙，特魯克號(hào)、伊卡蘭號(hào)、翼人號(hào)也儲(chǔ)備了足夠的雷巖。潘多拉星球已徹底變成了一顆荒蕪的星球，完全失去了生機(jī)。
公元2075年，太極號(hào)帶領(lǐng)著特魯克號(hào)、伊卡蘭號(hào)、翼人號(hào)向地球出發(fā)。智悲坐在主控室內(nèi)，望著屏幕上浩瀚的宇宙，心中想著地球上的事，“不知地球情況如何了，十架飛碟應(yīng)該建完了吧？七十六億人口，也只能救十億，其余六十六億人口就只能等死了嗎？會(huì)出現(xiàn)什么情況？會(huì)互相殘殺嗎？”智悲已經(jīng)感應(yīng)到了地球的災(zāi)難。
四大航母在太空中以光速航行了四年半，終于到達(dá)了地球上空。地球的外太空有十架飛碟，其形如鐃鈸，正圍繞地球旋轉(zhuǎn)，在地球上，會(huì)看到仿佛多出了十個(gè)月亮。地球的蔚灰色已經(jīng)變成灰藍(lán)色，南北兩極冰山不復(fù)存在。地球?yàn)?zāi)難看起來(lái)已經(jīng)發(fā)生了。
智悲收到了十個(gè)地球航母發(fā)來(lái)的信息，智悲邀請(qǐng)了十個(gè)飛碟的代表前來(lái)太極號(hào)。代表們告訴了智悲近年來(lái)地球發(fā)生的事情，由于近年來(lái)太陽(yáng)耀斑活動(dòng)加劇，常有伽瑪射線暴襲來(lái)，大氣臭氧層出現(xiàn)了許多洞口，引起溫度持續(xù)升高，全球平均溫度高達(dá)五十度，高溫天氣持續(xù)時(shí)間延長(zhǎng)，人類已經(jīng)無(wú)法適應(yīng)環(huán)境的變化。
北極、格陵蘭、南極冰山融化，海面上升，眾多島國(guó)，以及大陸沿海城市都被淹沒(méi)。農(nóng)作物欠收，森林植被瘋長(zhǎng)。冰層中被冰凍了十幾萬(wàn)年的古冠五代病毒，席卷全球，致死率高達(dá)百分之五十。疫苗對(duì)病毒根本不起作用，疫苗還未研制出來(lái)，病毒就進(jìn)化到了下一代，而且病毒的危害性也越來(lái)越大。人類處于疾病和饑餓之中，所有學(xué)校、行政、交通、運(yùn)輸、商業(yè)、娛樂(lè)、生產(chǎn)等部門都已關(guān)閉了。
目前，已經(jīng)發(fā)展到了古冠十代病毒，人類一旦感染，三五日之后，病人便噴血暴葬，全球死亡人數(shù)高達(dá)四十多億。人類幾乎放棄了掙扎，能產(chǎn)生免疫的個(gè)人，便會(huì)被飛碟派出的機(jī)器人剝光衣服，消毒殺菌，全身掃描，核酸檢測(cè)，隔離二十日之后，由運(yùn)輸艦送到航母之內(nèi)，成為航母中的一員。全球這樣的服務(wù)機(jī)器人多達(dá)五千萬(wàn)個(gè)，在日夜不停的對(duì)人類進(jìn)行篩查。機(jī)器人分工明確，工作效率很高，有掃描機(jī)器人、檢測(cè)機(jī)器人、運(yùn)輸機(jī)器人等。
現(xiàn)在，進(jìn)入十個(gè)航母內(nèi)的人類，分別有二千多萬(wàn)到四千多萬(wàn)不等，總共有六億多人口。地球飛碟不想放棄絕望的地球人類。十個(gè)飛碟懸浮在外太空，成為了地球的臨時(shí)衛(wèi)星。智悲將十支皇極艦艦隊(duì)采到的雷巖，分別送到了“亞洲號(hào)、非洲號(hào)、歐洲號(hào)、美洲號(hào)、北極號(hào)、南極號(hào)、太平洋號(hào)、大西洋號(hào)、印度洋號(hào)、北冰洋號(hào)、”十架航母之中。
地球的現(xiàn)狀越發(fā)慘烈，因糧食短缺，人類爭(zhēng)搶食物，相互殘殺。往日繁華的城市，都變成一座座死城，到處是斷垣殘壁、破磚爛瓦。除了機(jī)器人在活動(dòng)，人類仿佛躲進(jìn)了洞中。智悲派出了一千八百萬(wàn)變形金剛到達(dá)地球，啟動(dòng)了生產(chǎn)活動(dòng)和治安管理。
經(jīng)過(guò)兩年的篩查工作，地球飛碟最終只收到七億五千萬(wàn)人口，而剩下的是瀕臨死亡的人類和環(huán)境惡劣的星球。人類敗給了看不見(jiàn)的敵人古冠病毒，病毒占領(lǐng)了地球。