就在后金撤退以后，朱由檢為了加緊部署圍剿農民軍。令洪承疇擔任河南總督負責圍剿河南起義軍又升孫傳庭為陜甘邊總督負責圍剿巴蜀起義軍，又給湖北墨舟下達命令準備執(zhí)行盧象升的拉網戰(zhàn)略。
?即洪承疇集結明軍精銳由開封南下向西運動將林云起義軍流竄到信陽一線直接與墨舟部隊南北夾擊殲滅在信陽。
?陜西孫傳庭方面則發(fā)起漢中之戰(zhàn)繼而攻克漢中一舉配合云南沐家收復四川，為防止大西軍逃竄令墨舟留一部三萬兵力正面在湘西牽制大西軍，其余主力則從長江西岸入重慶展開圍剿，一舉堵住大西的出逃之路。
?此時崇禎帝打算變法，就在各部執(zhí)行對大西的戰(zhàn)略之際，朱由檢召見孫承宗詢問變法之事。
?朱由檢打算效仿商鞅，進行商鞅變法，
改革。他決定將變法推廣到全國范圍內。變法最大的難題就是沒有一個合適的人選去執(zhí)行變法。因為大明的人才都集中在陜西和湖廣，這兩地缺乏政治人才，所以變法的成功性不足百分之九十九。朱由檢也清楚這一點。所以，他打算讓孫承宗去做這件事，他相信以孫承宗的學識和才干肯定能完成這項艱巨的任務。
變法主要內容有
兩項，一個是變法，一個是制裁。制裁的內容是改革，變法則是改革。變法的主要內容包括了：第一項是改革，改革就是改變官吏的階級地位，使得階級地位提升起來，而不再是依附于商人，商人也會依賴階級地位而。第二項是改革，改革就是對階級地位進行清洗。這項工作的難度比較大，畢竟官吏的級別和品級都太高了。將商人集團直接殺絕，抄了他們的財富，抽了他們的稅。所謂官僚階級就是將官員集團徹底打壓，然后逐漸削弱官僚階層。在朱由檢看來，變法的最大阻礙其實并非階級地位。而是人才，官員階級是一個體系的基石，而人才的培養(yǎng)則更需要資源。所以朱由檢要將官員階級清除，同時削弱官僚階級，以減輕官僚階級的影響力。當初，朱由檢就是利用變法打壓商賈階級，同時將官吏階級清掃。這樣做的弊端是很大的，那就是官僚階層在變法中的作用太大了，這會影響到官場形勢的穩(wěn)定，會使得大明朝廷出現(xiàn)混亂，甚至是崩潰。不過朱由檢相信以孫承宗的才華和才能，他一定可以做到。所以朱由檢在孫承宗來京城之前便下令孫承宗調集兵馬在京城駐扎防止叛亂。
4月，變法開始后，孫承宗帶兵抄了京城的商人，
將他們手上的商鋪、田產、土地等全部充公，使得京城的商人、士紳們失業(yè)了。而且他還讓他的心腹將商人的家屬、親朋好友抓走。這使得京城的商人、士紳們惶恐不已。群臣炸鍋了紛紛反對，上書說這樣會毀了大明。
朱由檢聽到上書說會毀了大明，當即怒火沖天，拍案而起道：“你們以為朕不知道，你們不就是擔心變法嗎？不就是擔心錢財會被官府侵吞，所以不希望朕變法嗎？！現(xiàn)在朕就告訴你們。朕要變法！朕要讓大明的百姓過上富裕的生活！朕已經下旨，將京城的商人家眷以及親戚家的田莊等土地全部征收。你們若是再敢反抗，休怪朕無情！“眾臣見朱由檢態(tài)度堅決只好閉嘴。但是眾臣也沒有放棄，繼續(xù)在朝堂上上書勸諫，“皇上，臣建議您立刻收回成命，否則這樣做會損壞大明的根基，甚至會危及皇位。““對?。』噬?，臣認為應該暫時停止變法?！啊盎噬?，臣以為不妥?！啊俺颊J為這樣做是錯誤的?！俺蒙弦黄臭[聲。朱由檢聽得煩悶異常，他冷哼了一聲，說道：“都給朕閉嘴！不想死的就給朕安靜！朕已經下旨，誰要是再敢反抗朕。就不必進宮見朕了?！爸煊蓹z說罷就站了起來拂袖而去，大殿中頓時鴉雀無聲，眾人不敢多說一句話。孫承宗在一旁默不作聲，此時他內心非常激動，因為他看到朱由檢的決心了，這是要變法?。O承宗知道，變法一旦成功必將震驚天下。朱由檢走了一會兒，忽然停下腳步。轉身看著孫承宗說道：“孫愛卿，這幾天你辛苦了?！皩O承宗急忙躬身說道：“微臣為陛下分憂是微臣應該做的。陛下，這幾日微臣正在整理變法的內容。相信不久后就能夠完成。“朱由檢點了點頭。孫承宗又說道：“微臣已經整理出一份變法綱要，微臣認為可以交給陛下審閱?！啊芭叮俊皩O承宗拿出了一張紙遞給朱由檢。朱由檢打開一看，頓時眼睛瞪圓了，只見紙上列出了變法的諸多細節(jié)，這些細節(jié)都是朱由檢不曾注意的地方，朱由檢一邊翻看，一邊贊嘆道：“孫愛卿，你這份綱要很詳盡啊！朕都沒有看過這份綱要，沒想到孫愛卿你已經將變法的內容弄的如此透徹，真乃朕的賢臣啊！“孫承宗笑著謙虛的說道：“皇上，這都是為了大明著想，為了讓天下人過上幸福生活。這篇變法綱要可謂是一箭雙雕?。 爸煊蓹z哈哈大笑，連聲稱贊道：“不錯，不錯！孫愛卿，這份綱要寫的太好了。
此時緊急奏本，不好了東城發(fā)生了叛亂，報不好了天津衛(wèi)反了，
失守，報不好了山東發(fā)生了暴亂......““什么？！東城發(fā)生了暴亂？！山西發(fā)生了暴亂？！“朱由檢一臉愕然，一臉驚訝的看著孫承宗?！皩Π |城發(fā)生了暴亂，這都才五天，一直都沒有消息傳來。
陛下，大臣們集體到宣政殿要求處死孫承宗，
孫承宗跪倒在地，一臉悲憤的懇求著朱由檢。陛下，臣意識到這變法是錯誤的，請放了他們
吧，他們不能因為一己私欲而毀了大明的根基！臣知道這次是臣錯了，臣愿意領罪。““領罪？你領什么罪？“朱由檢冷笑道?！氨菹拢家詾樽兎☉撏Ｖ?，如果變法成功的話，會對整個大明造成極大的傷害，會導致整個大明朝綱動搖。“孫承宗跪拜在朱由檢腳下懇切的說道。“哈哈哈......孫承宗啊孫承宗，你可知道你這番話會引來什么樣的結局嗎？！你這是造反！你這是要背叛朕?。 爸煊蓹z指著孫承宗的鼻子破口，不變根本無法救大明，起義軍還是會卷土重來關外后金還是會入關的！而變法只要成功了，他就能保住大明！“臣......臣......臣......臣沒有造反，臣......“朱由檢一巴掌扇在孫承宗臉上，孫承宗頓時跌坐在地，捂著臉痛呼。朱由檢發(fā)泄怒火后，冷靜下來如果這次妥協(xié)將來一定會被東林黨所傀儡，到時候就麻煩了。朱由檢不能讓東林黨掌控大明的朝政。孫承宗爬起來說道：“臣知錯，臣不該提這茬，臣這里還有一份變法的綱要?！皩O承宗急忙拿出另外一份文書呈給了朱由檢，孫承宗心里很清楚，他這份文書的價值比剛才的文書更大。孫承宗遞上去文書，朱由檢一臉疑惑的接過文書，打開仔細讀起。孫承宗看到朱由檢在閱讀，于是悄悄退了下去，等待朱由檢的召見。一盞茶后，朱由檢看完了變法的所有內容。至于群臣跪諫讓他們先跪著。朱由檢卻并未下旨讓他們退下。而是一臉凝重的思索起來。他的臉色也隨著文章的閱讀變幻莫測。“孫愛卿，這篇文章寫的確實很不錯。
論變法
一、
變法不應該是在朝堂上討論，而是在民間。民間可以自主選擇變法，可以組織民團，可以在任何時候任何場合都可以組織。但絕不能在大街上，在朝廷官員面前表演變法的內容。二、變法不可以以武力強行推廣，應該適當?shù)牟扇∫恍厝崾侄危荒芤员┝鉀Q問題。三、變法不應該用刀劍和殺戮來威脅人民，更不應該用暴力來逼迫人民。四、變法要采用各種手段，不可以用暴力來鎮(zhèn)壓人民。不管是什么，一定要用和平的手段，讓老百姓們感受到和平的美好。五、變法應該通過文學，通過科舉考試來進行，不應該用武力強加于人，要讓百姓知道我大明是個講究科舉的時代。
朱由檢閱完后，怒道：那該怎么變法！
怎么才能夠讓百姓們感受到和平？“孫承宗聽到朱由檢的怒吼聲后，嚇的心跳差點停止。他急忙低下了頭，一聲也不吭。“朕讓你回答朕的問題，你卻不回答?！爸煊蓹z見孫承宗沉默了，怒罵道。孫承宗抬起頭，看向朱由檢，低聲說道：“陛下，孫承宗以為變法應該以治國之道為主。變法首先是改善人民的飲食，改善民生。變法可以讓民間的百姓們知道朝廷對他們都是很好的。變法應該讓他們明白大明是世界上最強大的王朝，讓他們知道……。
朱由檢龍顏大怒！滾！
朕不想再看到你！“孫承宗嚇的急忙磕頭離開了御書房。朱由檢看到孫承宗離開后，心里越發(fā)惱火，他覺得自己的權利受到了侵犯。孫承宗的意見是對的，但是在朱由檢看來卻是錯誤的但是不管那么多了！
他決定不再繼續(xù)任用孫承宗，孫承宗的所作所為讓他感到深深地厭惡?！皩O承宗啊孫承宗，朕原本以為你忠心耿耿，沒有想到，你居然會背著朕做出這樣的事情來！朕現(xiàn)在終于知道為什么朕會敗給李自成了，就是因為李自成比孫承宗聰明，比孫承宗狡猾，孫承宗雖然也是一員猛將，但他太過魯莽，做事總喜歡按照自己的想法來做，而且還總是喜歡將責任推卸到別人的身上，李自成做事謹慎，心機深沉，他從來不把任何人的命運放在眼中，他可以將你玩弄與鼓掌之間，你卻拿他毫無辦法！孫承宗，你真是愚蠢！“朱由檢越想越氣，他一拍桌子，大聲喝道：“來人！來人！““奴婢在！“宮女急忙跑進來。朱由檢一臉怒容，喝道：“將孫承宗打入天牢！““諾！“
至于群臣松了一口氣孫承宗一路哀嚎著走進了大理寺。孫承宗在大理寺的牢獄中受盡折磨，他的衣衫破爛不堪，臉上血跡斑駁，頭發(fā)凌亂不堪，渾身上下都帶著傷痕，看上去非常凄慘。孫承宗在大理寺的牢獄里一呆就是半個月。