第二集-有意識(shí)的暴走
初號(hào)機(jī)到達(dá)地面與使徒碰了個(gè)正著，兩個(gè)巨大的生物對(duì)視著。一邊美里在安撫凌波麗緊張的心情。初號(hào)機(jī)的最終安全裝置接觸，赤木告訴凌波麗只要心里想著走，初號(hào)機(jī)就會(huì)隨之走動(dòng)。
凌波麗勇敢的邁出了第一步，初號(hào)機(jī)隨之走動(dòng)，當(dāng)想邁出下一步時(shí)應(yīng)為還不習(xí)慣駕駛，所有第二步還沒走完就倒下了。當(dāng)凌波麗回過神來時(shí)使徒就已經(jīng)抓住了初號(hào)機(jī)的頭部，使徒用力的扯著初號(hào)機(jī)的左手，用力一掰，左手就被掰斷了，而因?yàn)檫B接著神經(jīng)，駕駛員也受到了同等的痛感，沒法開啟防御措施，at立場(chǎng)也沒能打開。
隨后使徒對(duì)初號(hào)機(jī)的右眼部位攻擊，頭部開裂。使徒發(fā)射光線將初號(hào)機(jī)擊飛，初號(hào)機(jī)躺在地上，頭部不斷的流出血液，一度陷入沉默。美里大喊道“凌波麗”
當(dāng)凌波麗醒來時(shí)，已是第二天了，昨晚發(fā)生的事情也不記得了，她觀望四周，自己躺在一張病床上。
凌波麗：這里是醫(yī)院?jiǎn)幔?p> NERV那，碇源堂與seele其中的五位成員開著會(huì)，昨天的事證實(shí)了死海文書的預(yù)言，災(zāi)難就是如此的突如其來。還說如果沒有把事情處理好的話就會(huì)引來大麻煩。
碇源堂：還請(qǐng)諸位放心，已經(jīng)處理好了。
昨晚的事發(fā)地點(diǎn)附近，美里和赤木一行人對(duì)著使徒的殘骸檢測(cè)是否還有生命跡象。
會(huì)議室里，碇源堂任在開會(huì)，而且還在密謀著什么事情不想被政府知道。不過由于昨晚初號(hào)機(jī)的出色表現(xiàn)seele決定在資助一點(diǎn)資金給NERV。
會(huì)議結(jié)束，seele的人員都回去了，會(huì)議室亮起，真嗣與冬月站在一旁，在會(huì)議結(jié)束前有一位seele成員跟碇源堂說了一句“我們是無法回頭的，碇”
真嗣：看來他們真以為我們會(huì)對(duì)seele百依百順。
冬月：他們的計(jì)劃《人類同化計(jì)劃》必須阻止。
碇源堂：啊，就算把所有使徒都打倒了，人類也會(huì)因計(jì)劃而消失，留給我們的時(shí)間不多了。
事發(fā)地點(diǎn)那里，美里和赤木一行人已經(jīng)收隊(duì)在回NERV的路上了，赤木接到一通電話，里頭說凌波麗已經(jīng)恢復(fù)意識(shí)了。美里決定去看看，但電話那頭說凌波麗對(duì)昨晚的記憶很混亂，美里立刻擔(dān)心起是不是精神污染導(dǎo)致的，但結(jié)果不是精神污染，這讓美里放下心了。
到達(dá)醫(yī)院，凌波麗完好無損，除了昨晚的記憶其他一切正常，美里將凌波麗待帶回NERV，真嗣將一張通知交給了凌波麗，上面寫著宿舍的位置，給他們?nèi)朔峙涞姆块g等等。過了一會(huì)，凌波麗照著通知上給的位置找到了宿舍，一進(jìn)門，真嗣就在門口守著，然后把她的房間鑰匙給了她后就回自己房間了。
凌波麗仔細(xì)看了看宿舍，簡(jiǎn)直不要太好，三室一廳，一間廚房，一間衛(wèi)生間，一間浴室。配置一應(yīng)俱全，沙發(fā)，電視，落地窗，陽(yáng)臺(tái)等等，全部都有。當(dāng)凌波麗進(jìn)入自己房間里時(shí)，被子，枕頭，衣柜，書柜等等都有，而且還是免費(fèi)的，完全不需要交錢，別提有多高興了。
此時(shí)，真嗣敲著門叫綾波麗出來，凌波麗尋問發(fā)生什么事了，然后真嗣拿出一張表格，說道“這是給你安排的每周值日表”
凌波麗：值日表？
真嗣：也就是你每周負(fù)責(zé)什么工作，畢竟我們?nèi)丝墒亲≡谕晃蓍芟隆?p> 凌波麗：好的。
說完真嗣就走了，凌波麗看著值日表，看看自己負(fù)責(zé)那些工作。到了晚上，美里帶著許多吃的來到宿舍，將三人叫了出來準(zhǔn)備開party。
四人圍著桌子坐著，歡樂的有說有笑。與此同時(shí)，實(shí)驗(yàn)室那邊，赤木和碇源堂透過玻璃看著里面的EVA，一臺(tái)身體為橙色的EVA。
赤木：這臺(tái)EVA幾乎都不能用了，為什么還要留著？
碇源堂：以備后事，seele又批下了點(diǎn)資金，利用資金把零號(hào)機(jī)修一下，做為備用的臨時(shí)機(jī)體。
宿舍那里，幾人歡聚一起，十分快樂，但真嗣卻不同，他沒有和她們一樣，真嗣找借口去了外面的衛(wèi)生間。時(shí)間慢慢過去，真嗣一直沒有回來，凌波麗擔(dān)心起了真嗣，決定去找一下。凌波麗來到衛(wèi)生間門口，趴在男廁的門旁，偷偷的往里看，凌波麗注意到了男廁門旁的垃圾桶，里面居然全是暖寶寶。此時(shí)真嗣從衛(wèi)生間出來看見了凌波麗。
真嗣：你在這干嘛。
凌波麗：你上個(gè)廁所這么這么久啊，害得我擔(dān)心你。
真嗣：讓你擔(dān)心還真是抱歉吶。
說完真嗣便走了，剛走沒幾步凌波麗撿起一個(gè)暖寶寶問真嗣這是不是他的，真嗣說不是，凌波麗不信，趁真嗣不注意是掀起真嗣背后的衣服，果不其然，衣服里面滿是暖寶寶。凌波麗又問真嗣為什么要貼那么多的暖寶寶，真嗣遲疑了一下，然后回答道“為了維持正常體溫”
凌波麗：維持體溫？
真嗣：反正遲早都會(huì)被發(fā)現(xiàn)，那就先告訴你好了。其實(shí)，我，是死人，所以才會(huì)貼暖寶寶維持正常人的體溫。
凌波麗露出一臉驚訝的表情說“死人？”
真嗣：沒錯(cuò)，我只是一個(gè)能動(dòng)，擁有自我著意識(shí)的死人而已。因?yàn)槟承┰蛭宜劳隽?，然后被科技救了回來，如今的我雖然有著和正常人一樣的身體機(jī)能，但我的心臟卻是停止了的。
凌波麗：也就是說，你死后詐尸了？
真嗣：也能這么理解。
凌波麗完全不敢相信眼前的真嗣居然是一個(gè)沒得感情的死人，凌波麗感到害怕，為了轉(zhuǎn)移一下害怕的感覺，她問真嗣記不記得昨晚發(fā)生的事情，凌波麗想知道昨晚的經(jīng)過。但真嗣只說了“暴走”二字，便回去了。
夜晚，派對(duì)結(jié)束，美里和三人都回到了自己的房間。凌波麗躺在床上思索著“暴走”二字意味著什么，難道是自己發(fā)瘋了？然后一頓失憶？百思不得其解，然后想著想著，就睡著了。在真嗣的房間里，真嗣趴在床上，回想起昨晚發(fā)生的一切......
被使徒擊倒在地的初號(hào)機(jī)的頭部流出大量血液，瞬間染紅了一塊地面，初號(hào)機(jī)機(jī)能出現(xiàn)了問題，同步曲線圖反轉(zhuǎn)，脈沖逆流。赤木下令切斷回路，攔截逆流的脈沖，但是信號(hào)卻被拒絕了。駕駛員沒有反應(yīng)，初號(hào)機(jī)完全沉默。
美里：到此為止了嗎，中止作戰(zhàn)，以保護(hù)駕駛員最優(yōu)先強(qiáng)行彈出插入栓。
信號(hào)再次被拒絕，此時(shí)碇源堂通知了真嗣，要求立刻支援。真嗣接到通知后立刻開始了行動(dòng)，他打開了一道門，里面有一個(gè)十字架，那便是意識(shí)傳送裝置。真嗣走到裝置前，轉(zhuǎn)過了身，兩手搭在十字架上，隨后十字架鎖住了真嗣，此時(shí)的真嗣便像當(dāng)年耶穌受難時(shí)的樣子，同樣被釘在十字架上。
真嗣低下了頭，慢慢的閉上了雙眼，說道“Link start（鏈接開始）”而初號(hào)機(jī)隨之啟動(dòng)，完好的左眼發(fā)出亮光，嘴部張開，EVA再次啟動(dòng)。當(dāng)眾人驚訝初號(hào)機(jī)啟動(dòng)時(shí)，初號(hào)機(jī)站了起來。
美里：難道是...
赤木：暴走。
初號(hào)機(jī)抓住斷了的左臂，一個(gè)接骨，把斷了的左手連接起來，初號(hào)機(jī)也發(fā)出野獸般的咆哮。猛的蹲下又起跳，直接踩住了使徒，與使徒糾纏一起。初號(hào)機(jī)用頭部撞向使徒，掙脫了出來，一個(gè)背身跳跳會(huì)了原來的位置，趁使徒?jīng)]反應(yīng)過來，初號(hào)機(jī)立刻轉(zhuǎn)身攻向使徒，但卻被使徒的at立場(chǎng)擋住了。
美里：不行，只要有at立場(chǎng)在，就無法攻擊到使徒。
初號(hào)機(jī)也展開了at立場(chǎng)，然后用右手對(duì)著立場(chǎng)一拳砸下，成功的攻破了at立場(chǎng)，左手也一樣，直接把a(bǔ)t立場(chǎng)打出了兩個(gè)洞并用力撕扯著立場(chǎng)，輕松的將立場(chǎng)撕裂。
美里：居然僅用一擊就將at立場(chǎng)攻破。
使徒發(fā)射光線，初號(hào)機(jī)一個(gè)后彎腰就躲過了光線，然后抓住了使徒的兩只手，一扯，使徒的兩只手都斷了。初號(hào)機(jī)將使徒踢飛，然后又一給飛撲撲了上去，連房子都被撞飛了。初號(hào)機(jī)抓起使徒，撿起腳邊的房屋碎片，把使徒摁在旁邊的房子上瘋狂的敲擊著使徒核心。使徒突然抱住初號(hào)機(jī)企圖自爆，但是被初號(hào)機(jī)掙脫了。初號(hào)機(jī)把使徒丟了出去，使徒被一棟大樓接住，還沒反應(yīng)過來時(shí)，初號(hào)機(jī)啟動(dòng)了高振動(dòng)粒子刀，初號(hào)機(jī)把刀丟向使徒的核心部位，然后一個(gè)飛踢將刀刺穿了使徒整個(gè)身體，穿過使徒身體的刀飛了出去，卡在了地上。隨著一聲爆炸，使徒被消滅了，閃出一道巨大的十字光芒。
其中，初號(hào)機(jī)緩慢的走了出來，眾人被驚訝到了。初號(hào)機(jī)站在這大地上。真嗣切斷了鏈接，初號(hào)機(jī)也隨之關(guān)閉，倒地。真嗣虛弱的從十字架上走下，稍作調(diào)整后恢復(fù)了狀態(tài)，真嗣向碇源堂打了通電話。
真嗣：任務(wù)完成，現(xiàn)在返回。
碇源堂：嗯，辛苦你了。
真嗣走出了這個(gè)房間，留下了一道背影，關(guān)閉了門。
第二集-完
預(yù)告：來到了新學(xué)校的三人，駕駛員的身份無疑成為了學(xué)校的關(guān)注焦點(diǎn)和風(fēng)云人物。
下集：我的同學(xué)是駕駛員