金剛狼被帶到賊窩，在場(chǎng)的有真理子，銀武士，毒蛇，還有一個(gè)巨大的銀色武士機(jī)器人。金剛狼兩只手被困住，毒蛇用詭計(jì)使金剛狼伸出爪子并將其固定。
機(jī)器武士站了起來(lái)正準(zhǔn)備用武士刀熱切掉爪子，這時(shí)真理子將固定裝置破壞。金剛狼開(kāi)始反擊戰(zhàn)斗，這時(shí)候雪緒趕到，與毒蛇搏斗并將其重創(chuàng)。
金剛狼繼續(xù)與機(jī)器武士搏斗，武士將金剛狼一只手上的狼爪切了下來(lái)。金剛狼處于劣勢(shì)，這時(shí)銀武士良心發(fā)現(xiàn)，在背后偷襲了機(jī)器武士，但同時(shí)也被機(jī)器武士掐死。
金剛狼砍下了機(jī)器武士的頭，并將其踹到了樓下，同時(shí)雪緒也打死了毒蛇。機(jī)器武士活了過(guò)來(lái)，一下子砍掉了金剛狼的另外三根爪。
危急關(guān)頭，真理子用砍掉的爪子刺進(jìn)了機(jī)器武士的身體。盔甲打開(kāi)，里面的人原來(lái)是幾天前就去世的矢志田，原來(lái)他想奪取金剛狼的永生能力。
矢志田沒(méi)有罷休，用某種儀器吸走了艾德曼金屬。而矢志田也變得年輕了。金剛狼怒了，而這時(shí)骨爪也長(zhǎng)了出來(lái)，金剛狼刺死了矢志田，并將其推進(jìn)海里。
一切結(jié)束了之后，在機(jī)場(chǎng)，金剛狼和真理子道別，此時(shí)真理子已經(jīng)接手矢志田公司，金剛狼和雪緒上了飛機(jī)兩人坐著飛機(jī)回到了美國(guó)。
金剛狼下了飛機(jī)，走到安檢口時(shí)旁邊塑料筐里的金屬物突然動(dòng)了起來(lái)，這時(shí)，一個(gè)熟悉的聲音出現(xiàn)。是萬(wàn)磁王！
接著周圍的一切靜止，已經(jīng)死去的查爾斯教授竟然坐著輪椅出現(xiàn)了。
原來(lái)這個(gè)時(shí)候玻利瓦爾·特拉斯克所制造并指揮的新型特種戰(zhàn)斗機(jī)器人“哨兵”開(kāi)始了對(duì)變種人的獵殺。
哨兵機(jī)器人可以檢測(cè)出任何形式的變種類型，而他們的基因則能夠讓他們瞬間變換和改造自身，從而擊敗變種人。
變種人徹底陷入了劣勢(shì)，經(jīng)過(guò)十年的艱難抵抗。變種人最終還是失敗了。
這使得變種人的唯一希望，便是回到過(guò)去，在特拉斯克的研究最終導(dǎo)致他們的滅絕之前，改變歷史。
利用幻影貓凱蒂的能力，金剛狼羅根穿越時(shí)空開(kāi)始了這個(gè)艱辛的旅程。他必須聯(lián)合年輕的變種人領(lǐng)袖X教授，以及他一生的對(duì)手萬(wàn)磁王，去找到魔形女，并阻止她刺殺特拉斯克。
金剛狼穿越時(shí)空修改歷史，哨兵計(jì)劃取消。從這之后就形成了新的時(shí)間線。
天啟出生于埃及第一王朝，是地球上最古老、最強(qiáng)大的變種人沙巴泊，曾擁有無(wú)數(shù)信眾，但后來(lái)遭人背叛，被人活埋。
幾千年后，強(qiáng)大無(wú)匹而且永生不朽的天啟從數(shù)千年的深埋中獲釋，憤怒的他發(fā)現(xiàn)同類不再被視為神祇，他對(duì)人類世界充滿厭惡，決定摧毀它重造一個(gè)新世界。
為了實(shí)現(xiàn)自己的野心，天啟四處游走，開(kāi)始搜集他的仆人——天啟四騎士。因?yàn)樘靻⒌牧α?，暴風(fēng)女、靈碟、天使、萬(wàn)磁王的超能力得到巨幅提升，同時(shí)他也計(jì)劃將他的意識(shí)移入X教授體內(nèi)，從而組建一支變種人的軍隊(duì)。
天啟的陰謀遭到正義的X戰(zhàn)警們的頑強(qiáng)抵抗，X教授、魔形女、琴·格雷、鐳射眼、夜行者、野獸、快銀等變種人聯(lián)起手來(lái)，與這個(gè)看似無(wú)法阻擋的敵人進(jìn)行一場(chǎng)史詩(shī)對(duì)決。
最終天啟被殺，世界被拯救。不過(guò)琴·格雷因?yàn)槭褂昧锁P凰之力，導(dǎo)致了黑鳳凰的覺(jué)醒。
1995年美國(guó)的航天發(fā)射場(chǎng)，奮進(jìn)號(hào)航天飛機(jī)剛剛升空，地面的控制人員在高空檢測(cè)到一個(gè)類似太陽(yáng)耀斑的巨大能量，隨即飛船失聯(lián)。
美國(guó)總統(tǒng)秘密給查爾斯教授打電話，要求出動(dòng)X戰(zhàn)警前去營(yíng)救下落不明的宇航員。
查爾斯教授隨即派魔形女擔(dān)任隊(duì)長(zhǎng)，帶著琴·格雷、鐳射眼、藍(lán)惡魔、風(fēng)暴女、快銀、野獸幾人駕駛X戰(zhàn)警的飛船飛入太空?qǐng)?zhí)行營(yíng)救任務(wù)。
眾人到了太空看到一大團(tuán)暗紅色的能量團(tuán)在大肆涌動(dòng)，而航天飛機(jī)就在能量團(tuán)的邊緣搖搖欲毀。
藍(lán)惡魔帶著快銀傳送到飛機(jī)，將座艙內(nèi)的6名宇航員系悉數(shù)救出。但被救出的宇航員說(shuō)還有一個(gè)機(jī)長(zhǎng)沒(méi)被救出。
當(dāng)時(shí)航天飛機(jī)幾乎已經(jīng)被能量吞噬，魔形女因?yàn)橛X(jué)得太過(guò)危險(xiǎn)不想救剩下的那名機(jī)長(zhǎng)。
但查爾斯教授堅(jiān)持要將所有人救出。不得已，魔形女派琴·格雷與藍(lán)惡魔再次飛入航天飛機(jī)搜救機(jī)長(zhǎng)。
琴在飛機(jī)內(nèi)用自己的意念力抵抗那股能量維持住飛機(jī)的形體，同時(shí)藍(lán)惡魔去救人。但在藍(lán)惡魔將人救出后，那股能量瞬間爆發(fā)直接沖向琴，琴瞬間化成一片火海。
為了不讓擴(kuò)散的爆炸能量傷到X戰(zhàn)警的飛船，琴用僅存的意識(shí)將全部的能量導(dǎo)向了自己，瞬間發(fā)生了大爆炸。爆炸過(guò)后，藍(lán)惡魔將琴的“尸體”帶回了飛船。但琴不久后竟然自己蘇醒了過(guò)來(lái)。眾人虛驚一場(chǎng)。
回到地球，X戰(zhàn)警因?yàn)闋I(yíng)救了宇航員而受到英雄一般的禮遇。但魔形女與X教授爆發(fā)了激烈的沖突。X教授為了讓人類接納變種人，常常讓X戰(zhàn)警委曲求全，自己陷入危險(xiǎn)境地。
而魔形女則認(rèn)為X教授應(yīng)該多考慮一下變種人自己的安危。野獸漢克對(duì)琴進(jìn)行了體檢，發(fā)現(xiàn)琴的能量大幅增加了，其能量高到現(xiàn)有的儀器根本測(cè)不出來(lái)。
晚上，在一個(gè)湖邊，三個(gè)不明物體悄然降落。一群德巴力星人從中出現(xiàn)，它們殺害了附近一群正在聚餐的人們，并化裝成他們的模樣。
X戰(zhàn)警的營(yíng)地內(nèi)，眾人正在舉行篝火派對(duì)慶祝任務(wù)勝利。琴發(fā)現(xiàn)自己的各種興趣、沖動(dòng)比以前強(qiáng)了不少。在喝下無(wú)數(shù)杯酒后，周圍嘈雜的人聲讓琴再次失控，她釋放出巨大的沖擊波，將周圍的樹(shù)震斷，將人擊飛，而琴自己也失去意識(shí)昏倒在地。
正在受邀參加國(guó)宴的X教授通過(guò)心靈感應(yīng)察覺(jué)到了琴的異樣于是匆忙返回。
對(duì)著昏迷不醒的琴，X教授利用意識(shí)機(jī)器進(jìn)入琴的思維。他發(fā)現(xiàn)琴的能量太過(guò)強(qiáng)大，以至于他在琴的腦中植入的一個(gè)“意識(shí)防火墻”瀕臨崩塌。