第九章：學(xué)術(shù)自夸#

　　祁旻下線之后正吃著外賣，就聽到門口傳來一陣腳步聲，扭頭看見陳林友和王馨回來了。

　　兩個(gè)新生這回看到祁旻在實(shí)驗(yàn)室，倒也不再拘束：“喲，師姐，吃外賣呢？”

　　她對(duì)于這種管自己實(shí)驗(yàn)室老板叫“師姐”的稱呼方式?jīng)]什么意見，所以也應(yīng)了一聲：“是啊，食堂那不是人多么。”

　　“真是，食堂太擠了?！蓖踯皽愡^來看了看祁旻碗里的東西，“師姐，這是什么呀？好吃么？”

　　祁旻看了一眼小票：“這是叫……多蘭冒菜。還行吧，就是油有點(diǎn)兒大?！?p>　　“那師姐，我們下午干什么呀？”王馨接著問道。

　　祁旻有些奇怪，她不都說了要學(xué)Python么？難道去吃個(gè)午飯就學(xué)完了？“你倆Python看了沒？”

　　“哦……那個(gè)呀……那不是去圖書館也能學(xué)嘛？”王馨有些迷惑地問道，“在實(shí)驗(yàn)室沒有實(shí)驗(yàn)了嗎？”

　　“你們傳代的細(xì)胞要過夜生長之后才能看?！逼顣F平和地說，“咱們生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)室一般也不會(huì)整天整天地做濕實(shí)驗(yàn)，處理數(shù)據(jù)和寫代碼還是有很多工作量的。”

　　她這么說之后，兩個(gè)一年級(jí)學(xué)生就乖乖地回到自己的座位上Python了。因?yàn)槎家呀?jīng)是讀博的人了，祁旻也就沒有再具體地給他們安排學(xué)習(xí)任務(wù)，只是發(fā)郵件告訴他們周日要開個(gè)小會(huì)，檢驗(yàn)一下他們的語言學(xué)得怎么樣了。

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　　之后祁旻又打開Jupyter看了一眼，全尺寸類腦體的生成代碼一切正常，此時(shí)正在占用“雨云”中35%的計(jì)算資源。

　　祁旻的類腦體項(xiàng)目在“雨云”超級(jí)計(jì)算中心使用計(jì)算資源是采用動(dòng)態(tài)的分配方式，分配給她的計(jì)算資源理論上無上限，但卻要根據(jù)當(dāng)時(shí)計(jì)算中心課題組使用“雨云”的情況進(jìn)行調(diào)整。雖然她是與周曉姍研究員合作，但“雨云”總要優(yōu)先滿足自己課題組的需求。

　　因此即使現(xiàn)在“雨云”計(jì)算資源的總利用率還沒達(dá)到一半兒，但由于計(jì)算中心的課題組優(yōu)先占用了閑置資源，分配給類腦體項(xiàng)目的計(jì)算資源也只有這么些。

　　當(dāng)然35%的“雨云”已經(jīng)非常快了，真正在世界上能排得上名次的超級(jí)計(jì)算機(jī)還真不是大學(xué)里自己的小玩意兒能比得了的。不過祁旻還是在想，或許她可以想辦法多要一點(diǎn)兒計(jì)算資源，這樣沒準(zhǔn)兒在過年之前她就能把文章重新投出去。

　　祁旻正想著找個(gè)什么理由跟周曉姍研究員提一下兒，仿佛是心有靈犀一般，微信上立刻就收到了柯櫟的消息。

　　“你的項(xiàng)目怎么樣了？還需要我的號(hào)么？”柯櫟在微信上問道。

　　祁旻有些奇怪他突然這么問一句，也沒個(gè)前言后語，但轉(zhuǎn)念想怕不是他的RNA結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法又出了什么問題，正需要她來“互相幫助”呢。

　　“周老師同意我用‘雨云’了?！逼顣F回復(fù)道，又接著打字，“你不用跑代碼嗎？”

　　這回回應(yīng)她的是柯櫟的語音通話申請(qǐng)。

　　“怎么了？”祁旻接起來問道，“RNA結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法出毛病了？”

　　“唉，你都猜著了?！笨聶涤行┎缓靡馑嫉卣f，“其實(shí)也不是大事兒，就是……我拿公司做深度測(cè)序測(cè)出來的序列分析，發(fā)現(xiàn)了一些奇怪的結(jié)果?！?p>　　“發(fā)給我看看?！逼顣F說道。

　　柯櫟從微信上把他跑出來的一組奇怪結(jié)果發(fā)給祁旻，祁旻從電腦上打開壓縮包，看了一眼這十幾條序列，也沒瞧出個(gè)所以然來。

　　“這幾條怎么了？”祁旻問道。

　　“你等會(huì)兒，我這兒正在給你發(fā)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)結(jié)果。”柯櫟說道，“行了……你看這幾條玩意兒，怎么長得這么奇怪呢？”

　　祁旻點(diǎn)開他新發(fā)的壓縮包，打開了其中一條序列對(duì)應(yīng)的預(yù)測(cè)結(jié)果圖。這RNA的確長得夠怪，其實(shí)有一部分看起來好像還挺規(guī)則，但剩下的部分簡(jiǎn)直像是壓根兒無法形成穩(wěn)定二級(jí)結(jié)構(gòu)一樣。

　　“你這是mRNA吧？”祁旻問道，“你是不是忘了除mRNA了？”

　　“不會(huì)吧……我是用的別人TRIM好的數(shù)據(jù)?！笨聶氮q豫地說，“怎么除mRNA？”

　　“你把序列MAP回基因組上，再把MAP到編碼區(qū)的部分都刪掉就行了。”祁旻說道。

　　“哦……”柯櫟似懂非懂地答應(yīng)了一聲，又問道，“但我這個(gè)應(yīng)該是已經(jīng)除過mRNA的數(shù)據(jù)了，rRNA和tRNA也除過了。”

　　不是mRNA又應(yīng)該是有功能的RNA，但是二級(jí)結(jié)構(gòu)近乎無定形……祁旻突然想到：“你沒去內(nèi)含子吧？”

　　真核生物存在RNA的剪切，某些具有功能的RNA在體內(nèi)是剪切之后才能發(fā)揮作用的。這剪切之前的RNA和剪切之后的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)當(dāng)然會(huì)有所差異。

　　“你等等……”祁旻在Jupyter上開了一個(gè)新PY文件，導(dǎo)入柯櫟給她的這十幾條序列，用已有的基因MAPPING包把它們MAP到人類基因組上，果然發(fā)現(xiàn)其中好幾條都MAP到了同一位點(diǎn)上，只不過有的缺了這幾段兒，有點(diǎn)缺了那幾段兒，顯示出它們事實(shí)上是處于剪切過程不同階段的同一功能性RNA的前體。

　　祁旻把結(jié)果發(fā)過去，柯櫟一下兒就看明白了：“哦……原來這都是前體啊?！?p>　　看來他雖然在信息學(xué)技術(shù)方面不太在行，但生物學(xué)的基礎(chǔ)還是有的。

　　“真太謝謝了……若不是你，我還真看不出來這到底哪兒出了問題?！笨聶颠B忙道謝道，“對(duì)了……我這個(gè)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)占不了多少計(jì)算資源，用實(shí)驗(yàn)室自己的主機(jī)跑代碼也一樣，要不你把我的號(hào)也拿去用吧——我老板對(duì)自己實(shí)驗(yàn)室的人特大方，我們實(shí)驗(yàn)室的號(hào)能優(yōu)先用5%呢?！?p>　　5%這個(gè)數(shù)值聽起來不大，但對(duì)于“雨云”的總計(jì)算能力而言，這也是相當(dāng)可觀了。而且對(duì)于祁旻現(xiàn)在正在用的35%而言，5%也是七分之一呢。

　　“那我就大方用了。”祁旻笑著說道，“到時(shí)候我發(fā)了SCIENCE，致謝里得單給你另起一行?！?p>　　“那是，要是我這個(gè)課題發(fā)了NATURE，肯定也得著重感謝你啊?！笨聶狄残Φ溃岸Y尚往來嘛?！?p>　　“要不你等我先發(fā)了SCIENCE，你再發(fā)NATURE。”祁旻開玩笑道，“咱倆這文章發(fā)表時(shí)間稍微錯(cuò)開點(diǎn)兒，免得媒體報(bào)道起來趕不上趟兒?！?p>　　一般人都是“學(xué)術(shù)互吹”，他們這個(gè)“學(xué)術(shù)自夸”還是挺讓人覺得新鮮。實(shí)驗(yàn)室里兩個(gè)一年級(jí)新生聽到祁旻這么說，忍不住在一旁笑起來。

　　祁旻掛了微信通話，對(duì)正坐在自己位置上憋笑的陳林友和王馨開玩笑道：“你倆別嫉妒人家。我能不能發(fā)SCIENCE先別說，你們?cè)谶@實(shí)驗(yàn)室好好干，要是我真發(fā)了SCIENCE，那肯定帶上你倆的名字?！?p>　　“謝謝師姐！”兩個(gè)新來的博士生立刻點(diǎn)頭。

　　王馨還接著開玩笑道：“師姐你再說一遍，這我得錄下來做證明。”

　　“做啥證明，我能直接給你寫個(gè)條兒，一目了然?！逼顣F故意說道。

　　這聽起來很大方，實(shí)際上仔細(xì)想想，也不過是實(shí)驗(yàn)室PI發(fā)文章帶上學(xué)生的常規(guī)操作。再說，畢竟陳林友和王馨這倆也算是她這個(gè)類腦體課題組的成員了，課題發(fā)文章肯定得帶上他倆。